Тип волевого человека, «не уклоняющегося от выбранного пути никакими ужасающими силами внешней природы», связывался читателями с теми «новыми людьми», о которых писал Чернышевский в своем романе «Что делать?», а также с автором романа, находившимся в Петропавловской крепости. Передовая русская общественность восприняла «Рефлексы головного мозга» как естественнонаучное обоснование того, что высшие нравственные идеалы могут быть воспитаны у человека в определенных условиях жизни и стать регуляторами его поведения, его действий, движущими силами передовых людей в преобразовании общества. Сеченов нес читателям идеи, которые руководили героями романа Чернышевского.

Для царских чиновников имена Сеченова и Чернышевского также связывались между собой. Цензура запретила печатание «Рефлексов головного мозга» в журнале «Современник» – органе революционной демократии, которому эта статья предназначалась. В отзыве Совета по делам книгопечатания на «Рефлексы головного мозга» отмечалось, что статья развивает общие положения материалистической доктрины, ее содержание соотносилось с романом «Что делать?», где, как писал рецензент, «изложены главные основы этого исповедания веры». Совет нашел, что имеющееся в статье «рассуждение… направлено к отрицанию нравственных основ общества и потрясению догмата о бессмертии души и вообще религиозных начал» (Научное наследство, 1956, с. 59–60). Цензура, запрещая печатать «Рефлексы головного мозга» в «Современнике», определила теорию Сеченова как «крайне опасную». Трактат Сеченова было разрешено опубликовать в таком специальном издании, как «Медицинский вестник».

Когда в 1866 г. Сеченов выпустил «Рефлексы головного мозга» отдельным изданием, книга была арестована, против ее автора возбудили судебное дело. Главное управление по делам печати так сообщало о причинах ареста книги: «Эта материалистическая теория. ниспровергает все понятия о нравственном добре и зле, о нравственных обязанностях, о вменяемости преступлений, отнимает у наших поступков всякую заслугу и ответственность и, разрушая моральные основы общества в земной жизни, тем самым уничтожает религиозный догмат жизни будущей, она несогласна ни с христианским, ни с уголовно-юридическим воззрением и ведет положительно к развращению нравов. Поэтому книга г. Сеченова «Рефлексы головного мозга» представляется направленной к развращению нравов и подлежит судебному преследованию. и уничтожению, как крайне опасная по своему влиянию на людей. Уничтожение книги г. Сеченова, как изложение самых крайних материалистических теорий, опирающихся, по-видимому, на авторитет науки, признано советом гл. управления по делам печати необходимым» (там же, с. 63).

В отношении к прокурору петербургского окружного суда цензурный комитет указывал статью Уложения о наказаниях, которую следовало применить для судебного преследования и уничтожения книги. В окружном суде дело затянулось. Известный адвокат В. Д. Спасович стал по поручению Сеченова хлопотать о снятии ареста с книги. Разбор этого дела в заседании окружного суда привлек столь многочисленную публику, что судебные чиновники побоялись начать суд над книгой и ее автором. Гласное обвинение Сеченова взволновало бы всю передовую общественность, еще более усилило бы интерес к книге. Дело передали в петербургскую судебную палату. Понимая, что судебный процесс может кончиться провалом, управляющий министерством юстиции князь Урусов писал министру внутренних дел П. А. Валуеву: «Гласное развитие материалистических теорий при судебном производстве этого дела может иметь последствием своим распространение этих теорий в обществе вследствие возбуждения особого интереса к содержанию этой книги… Поэтому… я полагал бы более осторожным не давать дальнейшего хода возбужденному Цензурным комитетом преследованию книги…» (с. 71). Валуев согласился. Арест с книги был снят.