Софья, в свою очередь, всеми силами старалась вернуть Петра в Москву. Формально это означало бы примирение с братом и продолжение прежней, «подковерной» борьбы, в которой у регентши были свои преимущества. Но Петр наотрез отказался уезжать из обители. Посредники Софьи вернулись ни с чем. Пришлось царевне просить патриарха о помощи. Она, конечно, была прекрасно осведомлена о симпатиях Иоакима, но ничего другого не оставалось, как прибегнуть к авторитету первосвятителя, обещавшего привезти мир. 21 августа Иоаким приехал в Троицу. Но он не только не привез мира, но и сам остался при молодом государе. А это уже был знак всем – пора покидать тонущий корабль царевны.

Настал черед московского гарнизона. В стрелецкие полки были отправлены царские грамоты с приказом идти в Троицу. Там отреагировали не сразу – раздумывали. От 25 августа сохранилась помета, сообщавшая о том, что в монастырь «против грамот» никто не пришел. 27 августа всем 18 стрелецким полковникам под страхом казни было вновь приказано явиться к царю. На всякий случай через головы полковников послали грамоты прямо стрельцам – велено было идти в монастырь всем начальным людям, до десятников включительно, прихватив с собой еще до десяти рядовых выборных стрельцов. Такая постановка вопроса загоняла полковников в угол: отговориться нечем, а вот голову потерять можно. Вот тут и выяснилось, что деньги решают далеко не все. Стрельцы дрогнули.

Чувствуя, что земля уходит из-под ног, в Троицу отправилась сама Софья. Но начать переговоры с Петром ей не дали. 30 августа в том самом Воздвиженском, где когда-то слетели головы Хованских, правительницу остановил боярин И.Б. Троекуров. Царевне приказано было поворачивать домой и ждать указа. К этому было прибавлено: если она не подчинится, то с ней поступят «нечестно». Эти слова прозвучали для Софьи как приговор. Ее уже не боялись, не брали под стражу – просто возвращали назад. За всем этим чувствовались уверенность и сила. И в самом деле, в этот день в Троицу пришли сразу 14 стрелецких полковников со стрельцами.

Тогда же были оглашены первые результаты розыска о Шакловитом. Все «изветы» о намерении Федора Леонтьевича поджечь Преображенское и убить государя приобрели характер официального обвинения. У Боярской думы потребовали выдачу преступника. Не успевшим приехать в Троицу думным чинам пришлось спешно доказывать свою лояльность Петру уже в кремлевских палатах.

3 сентября дума приговорила «вора Федку Шакловитова с товарищами» выдать государю. Федора Леонтьевича посадили на телегу и под конвоем повезли в Троицу. Возобновившийся розыск поставил судей в трудное положение. Сколь ни ненавистна была партии Нарышкиных царевна Софья, она все же принадлежала к царской семье. Выясняя правду, приходилось быть осторожными. Свой интерес преследовал и один из судей, Борис Голицын, двоюродный брат Василия Васильевича Голицына. Любимцу Петра очень хотелось вывести из-под удара своего родственника, по крайней мере освободить от обвинений в подготовке покушения на жизнь царя. Руководствовался Борис Алексеевич вовсе не привязанностью к рухнувшему «канцлеру». Обвинение грозило обесчестить весь род Голицыных. Все это означало, что главным ответчиком станет Шакловитый. Он изначально был обречен. Оставалось лишь уточнить статьи обвинения.

Федор Шакловитый на допросах и очных ставках признавался только в очевидном. Да, 7–8 августа стрельцов созывал, но не для того, чтобы поднять бунт, а для охраны Софьи, собравшейся идти в Донской монастырь. Нет, государя убить, а патриарха сместить не собирался, то злой оговор. Упорствовал он до тех пор, пока один из допрашиваемых стрельцов не упомянул про письмо, в котором речь шла «о перемене патриарха». Шакловитый повинился: такое письмо было, и он читал его стрельцам вслух, но в нем говорилось лишь о венчании на царство «великой государыни царевны».