Помимо «Всеподданнейшего доклада», под влиянием Андижанского восстания в администрации С.М. Духовского был составлен пакет секретных документов под названием «Общий свод комиссии по вопросу мусульманского Духовного управления в Туркестанском крае» с Приложениями[213]. К своду прилагалась сопроводительная Записка Главного штаба Военного министерства (Азиатской части), содержавшая новую редакцию некоторых статей положения «Об устройстве управления духовными делами мусульман Туркестана» (взамен редакции 1886 г.). Из Проектов Свода и Записки становится ясно, что Андижанское восстание стимулировало споры о правомерности политики «игнорирования ислама русской администрацией» и о формах «надзора за духовными делами мусульман»[214].

В «Общем своде» колониальная администрация Туркестана настаивала на решительном отказе от прежней политики «невмешательства в духовные дела мусульман Туркестана». Ее эксперты внесли соответствующие поправки и дополнения в «Положение по управлению Туркестанским краем», выработанное ранее Комиссией графа Игнатьева. Прежде всего, жившие и работавшие на южных окраинах империи эксперты возражали против предложения создать в Туркестане Духовное управление по типу Уфимского или Кавказского. Авторы поправок считали, что имперская власть в Туркестане не нуждается в посредничестве мусульманской элиты в лице муфтиев и что Духовное управление должно находиться под непосредственным контролем военной и гражданской администрации, которая бы санкционировала назначение мулл, открытие мечетей, медресе, мактабов и надзирала за вакуфным имуществом. По мнению составителей Записок и их комментаторов из Военного министерства, создание в России Духовных управлений с правами «управления своими духовными делами» консолидировало до того «разрозненных мусульман»[215] и стимулировало их развитие «еще более в мусульманском духе», создав «искусственные условия [для] еще большего сплочения магометан». Учреждение такого же Духовного управления в Туркестане лишит российское государство возможности борьбы против «убежденных магометан», создаст непреодолимую стену, «через которую трудно будет проникнуть русской культуре, идеям ассимиляции» и т. д.[216] В результате неправильной политики империи в «мусульманском вопросе», с тревогой отмечали составители документов, «обращение мусульман к христианству стало явлением исключительным, а возвращение к мусульманству некогда отпавших от него – довольно общим»[217].

Другой вопрос, сильно беспокоивший туркестанских экспертов, военных и администрацию, касался исламизации татарскими муллами кочевых и особенно оседлых киргизов (предков современных казахов и киргизов) [218]. Киргизы рассматривались как наиболее удобный объект ассимиляции, поскольку оставались «индифферентными в делах религии»[219]. Представление о «слабой исламизации» казахов и киргизов, тиражируемое и многими современными исследователями, требует пересмотра. Сложно вести речь о «слабой религиозности» кочевников, у которых, совершенно очевидно, были собственные представления о религии: они оставались верны устоявшимся в их среде религиозным представлениям и ритуалам, как бы мы их ни называли – «шаманизмом», «доисламскими реликтами» и проч. При этом они считали себя мусульманами[220]. Пресловутую «индифферентность киргиз и казахов в делах религии» пытались на протяжении значительного количества лет использовать русские миссионеры, активно распространявшие свое влияние в Степи при поддержке ряда государственных деятелей метрополии (например, Обер-Прокурора Св. Синода К.П. Победоносцева)