Команду губернатор подбирал по принципу преданности, честности и точности в исполнениях поручений. Ему нужна была надежная опора в управлении. «Людей достойных» набирал из внутренних российских областей, предпочитая выходцев из известных фамилий, но их не баловал, а разгонял по сибирским окраинам и верхом, и пешком, на оленях и на собаках. Особым доверием пользовались офицеры по особым поручениям, среди них: Б. К. Кукель, Н. В. Буссе, знакомые с Муравьёвым с молодых лет, – всего тринадцать чиновников. Высоко ценил перспективного П. В. Казакевича, составившего точную карту устья Амура. Избранным оказывалось неограниченное доверие.

Болеслав Казимирович Кукель, выходец из дворян Виленской губернии, инженер по образованию, – один из блестящих деятелей муравьёвского времени. По свидетельству А. П. Быковой, он «из военных блистал, будучи вторым лицом и сильнейшим после Муравьёва». Его называли «пером Восточной Сибири». Случались и странности, когда у него как у начальника штаба обнаружилось, наподобие гоголевских «мертвых душ», пятьсот одиннадцать солдат, не существовавших в природе. Двери его дома всегда были открыты, здесь можно было вкусно поесть и поухаживать за дамами. Был назначен военным губернатором Забайкальского края, но в 1860 году вернулся в Россию. Там оказался под арестом в связи с какими-то беспорядками польских арестантов, и то, скорее, за свое польское происхождение. После заступничества Н. Н. Муравьёва Болеслав Казимирович был освобожден с награждением орденом Святого Станислава за безупречную сибирскую службу. Умер рано, в сорок лет, и похоронен в Иркутске. Именно его, одного из всех, выделял Муравьёв, признаваясь в Париже после отставки, что «передал бы управление всем делом Кукелю».

Из других муравьёвских сподвижников отметим В. В. Гаупта, выпускника Московского университета, успешно заведовавшего канцелярскими архивами и составлением отчетов. П. П. Сукачёв управлял Первым отделением канцелярии, а его сын, В. П. Сукачёв, со временем станет городским головой и основателем знаменитой картинной галереи в Иркутске. П. Н. Кобяков, выпускник Пажеского корпуса, трудился председателем Иркутской казенной палаты. А. О. Стадлер, назначенный начальником Четвертого отделения имущественных отношений, фактически стал личным секретарем губернатора, но по наветам был уволен и переведен в Красноярск председателем губернского суда. Б. В. Струве, выпускник Лицея и сын известного астронома, начинал карьеру офицером по особым поручениям. Он быстро возвышался, но вызвал недовольство политикой в закупках зерна и неблаговидными поступками членов семейства, за что был переведен в Центральную Россию, где назначался губернатором Астраханской и Пермской областей.

Владимир Николаевич Зарин, боевой соратник по Кавказской войне и превосходная личность, назначен на должность иркутского гражданского губернатора, где отлично показал себя в честности и твердости. На правах старого сослуживца откровенно высказывал мнения и уравновешивал хладнокровием горячность Муравьёва. Впоследствии переведен во внутренние области из-за расхождений с Запольским по финансовым вопросам и назначался губернатором курским и владимирским. После отставки В. Н. Зарина Иркутскую губернию принял Карл Карлович Венцель. При Муравьёве высылки из Сибири станут своеобразной формой наказания. Среди таких наказанных оказался и Ахиллес Заборинский, выпускник Академии Генерального штаба. Дослужившись до должности начальника Восточносибирского штаба, Ахиллес Иванович получил замечание за «недочет в амурской сумме»