После смерти Всеволода Большое Гнездо в 1212 г. его преемником на владимирском столе стал не старший сын Константин, а второй сын Юрий. По завещанию отца вместе с Владимиром Юрий получил и Москву. К этому времени город стал уже довольно значительным центром Северо-Восточной Руси.
Именно это обстоятельство сыграло существенную роль в том, что четвертый сын Всеволода Большое Гнездо Владимир, на долю которого, согласно последней воле отца, был выделен Юрьев-Польский, в 1213 г. попытался захватить Москву, сделав ее центром своего удела. Однако эта попытка не удалась, а Владимир просидел на московском столе всего несколько месяцев. Москва не стала тогда столицей самостоятельного княжества, а город возвратился к великому князю владимирскому Юрию Всеволодовичу.
К сожалению, наши сведения о Москве этого времени крайне скудны – на протяжении четверти века, с 1213 г., известия о ней отсутствуют в летописи. Следующий раз она упоминается летописцем лишь зимой 1238 г. при описании нашествия Батыя. Татары захватили город, убили воеводу Филиппа Нянко и захватили в плен сына великого князя Юрия Всеволодовича – Владимира. Некоторые историки расценивают упоминание последнего в Москве как показатель существования уже в это время самостоятельного Московского удела. Правда, при этом летописец называет Владимира не князем, а княжичем. На основании этого другие исследователи полагают, что Москва к этому времени еще не выделилась в отдельное княжество. Несомненно лишь одно – пребывание Владимира зимой 1238 г. в Москве было в первую очередь связано с тем, что его отец попытался организовать оборону против нашествия иноземцев. Однако это не удалось, и взятый в плен княжич погиб от рук завоевателей.
Гибель в сражении на реке Сить великого князя владимирского Юрия Всеволодовича привела к тому, что великокняжеский стол перешел к его брату Ярославу Всеволодовичу, третьему сыну Всеволода Большое Гнездо, внуку Юрия Долгорукого. На его долю выпала задача собрать уцелевших после вражеского нашествия жителей Северо-Восточной Руси.
Шлем князя Ярослава Всеволодовича
Волна монголо-татарского нашествия к началу 40-х г. XIII в., прокатившись по всей Восточной Европе, на долгие столетия определила весь дальнейший ход исторического развития этой части континента. Ярослав Всеволодович, понимая всю опасность дальнейшей конфронтации с Золотой Ордой, которая могла бы привести к физическому уничтожению русских княжеств, вынужден был вести осторожную политику: внешне подчиняясь татарским ханам, он исподволь приступил к восстановлению из руин Русской земли.
Политику Ярослава по укреплению русских земель продолжили и его сыновья. Именно в этот период Москва окончательно выделяется в самостоятельное княжество. Первым собственно московским князем летописец называет Михаила Ярославича Хоробрита, одного из сыновей Ярослава Всеволодовича. Впрочем, княжил он здесь недолго. Москва, вероятно, досталась ему по семейному разделу 1247 г., а уже зимой 1248/49 г. летописец сообщает о его гибели в сражении с литовцами на реке Протве.
После Михаила Хоробрита источники не упоминают московских князей. Очевидно, город по-прежнему входил в состав великого княжения Владимирского. Известно, что в середине XIII в. Москвой распоряжался брат Михаила Хоробрита великий князь Александр Ярославич Невский.
Александр Невский скончался в 1263 г., и Москва досталась его младшему сыну Даниилу Александровичу. Но двухлетний Даниил (он родился в 1261 г.) был слишком мал для самостоятельного княжения. Судя по одному известию Тверской летописи, на протяжении семи лет Москвой управляли тиуны (наместники) Ярослава Ярославича Тверского, ставшего после смерти своего старшего брата Александра Невского великим князем владимирским.