В ночь с 7-го на 8-е августа несколько стрельцов прибыли в Преображенское и донесли царю о готовящемся покушении на него. Пётр был очень напуган и верхом, в сопровождении нескольких телохранителей, тут же ускакал в Троице-Сергиев монастырь.

Утром следующего дня туда же отправились царица Наталья и царица Евдокия в сопровождении всего потешного войска, которое к тому времени составляло внушительную военную силу, способную выдержать длительную осаду в троицких стенах.

В Москве известие о бегстве царя из Преображенского произвело потрясающее впечатление: все понимали, что начиналась междоусобица, грозившая большим кровопролитием. Софья упросила патриарха Иоакима поехать в Троицу, чтобы склонить Петра к переговорам, но в Москву патриарх не возвратился и объявил Петра полноправным самодержцем.

27 августа из Троицы пришёл царский указ, подписанный Петром, с требованием всем стрелецким полковникам явиться в распоряжение царя в сопровождении стрелецких выборных, по 10 человек от каждого полка, за неисполнение – смертная казнь. Софья, со своей стороны, запретила стрельцам покидать Москву, также под страхом смерти.

Некоторые стрелецкие начальники и рядовые стали уходить к Троице. Софья чувствовала, что время работает против неё, и решила лично договориться с младшим братом, для чего выехала в Троицу в сопровождении небольшой охраны, но в селе Воздвиженском была задержана стрелецким нарядом, а посланные ей навстречу стольник И. Бутурлин, а затем боярин, князь Троекуров объявили ей, что царь её не примет, а если она попытается продолжать свой путь в Троицу, к ней будет применена сила. Софья возвратилась в Москву ни с чем.

Об этой неудаче Софьи стало широко известно, и бегство бояр, приказных чиновников и стрельцов из Москвы увеличилось. В Троице их благожелательно встречал князь Борис Голицын – бывший дядька царя, на это время, ставший главным советником Петра, и распорядителем в его ставке. Вновь прибывшим высокопоставленным сановникам и стрелецким начальникам он самолично подносил чарку и от имени царя благодарил за верную службу. Рядовым стрельцам тоже раздавали водку и наградные.

Пётр в Троице вёл образцовую жизнь Московского царя: присутствовал на всех богослужениях, оставшееся время проводил в советах с членами боярской думы и в беседах с церковными иерархами, отдыхал только в кругу семьи, носил русское платье, немцев не принимал, что разительно отличалось от образа жизни, который он вёл в Преображенском и который неодобрительно воспринимался большей частью всех слоёв русского общества – шумные и скандальные застолья и забавы, занятия с потешными, в которых он нередко выступал в роли младшего офицера, а то и рядового, частые посещения Кукуя, а, в особенности, то, что царь с немцами держался, как с равными себе, в то время как даже самые знатные и сановные русские, обращаясь к нему, согласно этикету должны были называть себя его рабами и холопами.

Между тем, власть Софьи неуклонно сыпалась: в начале сентября в Троицу ушла во главе с генералом П. Гордоном наёмная иноземная пехота – наиболее боеспособная часть русского войска.

Там она присягнула царю, лично вышедшему навстречу.

Высший сановник правительства Софьи, «царственные большие печати и государственных великих посольских дел оберегатель», Василий Голицын уехал в своё подмосковное имение Медведково, и устранился от политической борьбы. Активно поддерживал правительницу только начальник стрелецкого приказа Фёдор Шакловитый, всеми средствами старавшийся удержать стрельцов в Москве.

От царя пришёл новый указ – схватить (арестовать) Шакловитого и доставить в Троицу в железах (в цепях) для сыска (следствия) по делу о покушении на царя, а все, кто поддержит Шакловитого, разделят его судьбу.