Белокаменные кремлевские укрепления, возведенные Дмитрием Донским, уже обветшали, потому началось строительство новых мощных стен и башен из кирпича. Вся Москва из белокаменной превратилась в кирпичную, однако былое название так и сохранилось до настоящего дня. На территории Кремля появились величественные Успенский и Благовещенский соборы, Грановитая палата. Была заложена первая княжеская усыпальница – Архангельский собор. Сама территория Кремля также значительно расширилась.
Сын Ивана III, великий князь Василий Иванович, продолжал вести строительные работы с целью усовершенствования оборонительных сооружений Кремля, которые завершились лишь в 1516 г. Со стороны Красной площади, непосредственно у кремлевских стен, был выкопан ров, глубина которого превышала 12 м, а ширина – 32 м. Этот ров соединил реку Неглинную с рекой Москвой, и Кремль, со всех сторон окруженный водной преградой, стал одной из самых мощных и неприступных крепостей своего времени.
В центре Кремля к этому времени возвышалась дозорная сигнальная башня, которая получила в истории известность под названием колокольни Ивана Великого. Привычный для современников внешний вид эта башня получила в 1600 г., во времена правления Бориса Годунова.
В XVI столетии произошло два важнейших события в судьбе Москвы: это венчание на царство в 1547 г. первого русского царя из династии Рюриковичей Ивана Грозного и поставление Патриарха Московского и всея Руси Иова в 1589 г. И венчание на царство, и поставление патриарха происходило в Успенском соборе Кремля.
В Москве возвели три пояса защиты, а в 1535–1538 гг. великая княгиня Елена Глинская приказала итальянцу по имени Петрок Малый поставить мощное крепостное укрепление, способное защитить городской посад, расположенный у восточных стен Кремля и получивший название Китай-город. Хотя, надо признаться, посад не имел ни малейшего отношения к Китаю. После сооружения трех крепостных стен Москва стала напоминать срез гигантского дерева.
Конец XVI – начало XVII столетия известны в истории Русского государства как Смутное время. В 1598 г. окончательно пресеклась древняя династия Рюриковичей, которая правила с XIII в., от Даниила Московского до Федора Иоанновича. Кремль увидел и Лжедмитрия I, и поляков-интервентов, и народное ополчение, которое под руководством князя Дмитрия Пожарского и Кузьмы Минина освободило русскую столицу от ненавистных ляхов. В 1612 г. на московском престоле появилась новая династия – Романовы.
XVII столетие внесло определенные изменения в облик Кремля. Дальнейшее укрепление Русского государства в этот период способствовало развитию и расцвету русской культуры, и прежде всего искусства и архитектуры.
В Московском Кремле шел капитальный ремонт и перестройка всех обветшавших строений, а на месте старых дворцов возводились каменные палаты – терема. С 1635 по 1656 г. были возведены Патриаршие палаты и небольшая по размеру церковь «Двенадцать апостолов». В 1682 г. произошел пожар, после которого заново отстроилась древняя Грановитая палата. Кремлевские башни украсились высокими изящными кирпичными шатрами с черепичным покрытием и золочеными флюгерами. Второй царь из династии Романовых, Алексей Михайлович, распорядился переименовать некоторые московские улицы и кремлевские башни. Так, например, Фроловская башня обрела новое название – Спасская.
Еще один страшный пожар произошел в 1701 г. Во время него сгорели все деревянные строения, расположенные в северо-западной части Кремля. Были уничтожены и Житные дворы. В 1702 г. на их месте Петр I приказал специальным указом заложить обширное здание Арсенала, где предполагалось хранить оружие и военные трофеи. Надо сказать, что Петр вообще не испытывал ни малейшего почтения к патриархальной старине. Он жаждал перемен, которые хотел внести и в архитектурный облик Москвы. Прежде всего царь попробовал видоизменить древний Кремль, где возвел упомянутый выше Арсенал, который вытянулся от Троицкой до Собакиной башни.