В своем докладе[75] об обороне островов, сделанном в феврале 1942 года, генерал-лейтенант береговой службы А. Б. Елисеев разделил ее на два периода. Будем и мы придерживаться этого разделения. Внесем в него небольшую поправку, взяв за основание периодизации рубеж не 10-го, а 3 сентября. Именно 3 сентября подразделения советского гарнизона ушли с материка, и обе стороны начали непосредственную подготовку к боевым действиям на островах. В первый период, с 22 июня по 3 сентября, БОРЗ (затем вновь БОБР) вела войну в основном на море и в воздухе. Лишь подразделения численностью до батальона были задействованы на материке, в Эстонии.

Советский гарнизон островов в том виде, в котором он начал боевые действия, складывался постепенно. Основные части и управления уже находились на островах до войны. Управление коменданта БОБР перед войной подверглось переформированию в управление коменданта Береговой обороны Рижского залива. Его зону ответственности сместили на юг. Северный укрепленный сектор передали в состав ГлВМБ. Сама БОРЗ входила в состав Прибалтийской ВМБ. В его состав в качестве Ирбенского сектора были включены береговые батареи ЛибВМБ, расположенные в Вентспилсе и на южном берегу Ирбенского пролива.

Все эти организационные мероприятия, проведенные накануне войны, требовали значительных управленческих усилий. Управление БОРЗ одновременно руководило Эзельским сектором БО (береговые батареи и 10-я осапр). Кроме секторов БО, БОРЗ подчинялись переформируемый в 104-й задн – участок ПВО, 4-я орс, ДАРМ, управление коменданта Курессааре, военно-морской госпиталь, КЭЧ, военный трибунал и военная прокуратура БОРЗ. Отделению связи ПрибВМБ подчинялся участок СНиС – Курессааре. Островной гидрографический участок подчинялся гидрографическому району ПрибВМБ. 15-я оаэ подчинялась командующему ВВС КБФ. Перед войной на острова была передислоцирована 2-я рота ВНОС (в подчинении отдела связи КБФ) и отдельная химическая рота (в подчинении химического отдела КБФ). Комендант БОРЗ являлся лишь начальником гарнизона острова Сааремаа.

Кроме частей КБФ на Сааремаа находились части и соединения других наркоматов. От НКО это была 3-я отдельная стрелковая бригада. Она подчинялась командующему войсками 27-й армии и входила в состав ПрибОВО. От НКВД это были 10-й Курессаарский пограничный отряд и 11-я отдельная авиационная эскадрилья. Они входили в состав Прибалтийского пограничного округа и также подчинялись коменданту БОРЗ только как начальнику гарнизона.

Первыми подразделениями, прибывшими на острова во время войны, стали личный состав взорвавших свои береговые батареи 40-й и 46-й батарей и, вероятно, часть личного состава 193-й и 194-й железнодорожных батарей. С ними прибыли две роты 35-го оиб, строившие батареи в Курляндии. Из артиллеристов этих подразделений были сформированы и переданы в распоряжение БО ГлВМБ две трехорудийные батареи[76]. На базе подразделений 35-го оиб была сформирована для борьбы с десантом самокатная (велосипедная) рота. 27 июня с аэродрома Липово на аэродром Когула была передислоцирована 12-я окаэ (командир – майор Е. А. Кудрявцев) в составе 24 И-153. Затем в течение пяти дней 12-й аэ оперативно были подчинены группы Кожина и Нефедова из 5-й аэ 5-го иап (28 И-15бис). После эвакуации Вентспилса в состав БОРЗ вошел 2-й дивизион пограничных катеров (12 единиц) под командованием капитан-лейтенанта А. Д. Финочко. С 27 июня началась эвакуация Риги. Управление ПрибВМБ передислоцировалось в Рохукюла, ОЛС и 1-я бригада подводных лодок ушли в Таллин