Если авторы работ предшествующего периода, как правило, не отличали одни церковные тюрьмы от других, то исследователи 2000–2010‐х годов четко отграничивают монастырские тюрьмы от тюрем епископских или принадлежащих инквизиции51 и обращают внимание на статус заключенных (представители черного или белого духовенства либо миряне)52, а также и на различные формы наказания лишением свободы. Для монахов это наказание знает разные степени тяжести: самое легкое – содержание в определенном месте внутри монастыря, отведенном специально для отбывающих наказание, затем содержание в «уединенном месте» и, наконец, заключение в самую настоящую тюрьму53. Впрочем, авторы недавних работ предпочитают сравнительный анализ внутри длительного периода изучению определенных типов религиозных сообществ. Сравнению подвергаются монастырские правила раннего Средневековья, типы религиозной жизни (монахи, каноники, отшельники), монастыри мужские и женские и т. д. Кроме того, исследователи стараются, выйдя за рамки строгого интернализма, вписать монастырские тюрьмы в более общий контекст и с этой целью сопоставляют их с другими тюрьмами, как церковными, так и мирскими54.
Новое в исследование монастырских тюрем внес прежде всего анализ нормативных текстов. К правилам и канонам Вселенских соборов раннего Средневековья прибавляются начиная с X–XI веков, сборники обычаев. Затем, в XI–XII веках институционализация религиозных сообществ приводит к возникновению религиозных орденов (цистерцианцы, премонстранты, клюнийцы и т. д.), которые присваивают себе право управления и надзора (генеральный капитул, инспекционные поездки по монастырям, именуемые визитами, и пр.)55. Религиозные ордена создают новые нормы (статуты, конституции или постановления генеральных капитулов), регулярно объединяемые в сборники56. Выработка этого внутреннего монастырского права вписывается в контекст общего бурного развития церковного права, и в частности папских декреталий57. С XV по XVII век реформаторские движения в монастырском мире, а затем Реформация приводят к возникновению новых религиозных орденов и конгрегаций, а это способствует умножению нормативных актов черного духовенства58. При изучении этих текстов историки могут пользоваться такими орудиями поиска, как Codex Regularum Monasticarum et Canonicarum Лукаса Хольста (1758–1759), но чаще всего им приходится на свой страх и риск погружаться в изучение огромного множества документов разрозненных и плохо изученных. Между тем только исследовав, какие изменения постоянно вносились в монастырское право, можно понять, как эволюционировала пенитенциарная политика и какие основные вопросы вставали перед церковным начальством (сажать преступников под замок или выгонять из монастыря? помещать в темницу или переводить в другой монастырь?).
Однако самое главное достижение историографии последних лет состоит в том, что исследовали не ограничиваются изучением нормативных документов и сопоставляют нормы с тем, что известно об их практическом применении. Для этого они изучают такие источники, как отчеты о визитах, дисциплинарные постановления генеральных капитулов, епископские послания, прошения монахов, адресованные папской курии и т. д.; применительно к Новому времени к ним прибавляются дисциплинарные дела, акты судебных процессов, сохранившиеся в епархиальных архивах, автобиографии бывших монахов, переписка внутри религиозных орденов и т. д.