Развитие хозяйственной деятельности общежитий привело даже к некоторой дифференциации труда внутри их, и одно из житий Пахомия называет целый ряд монахов, посвятивших себя определенному роду деятельности: 7 кузнецов, 15 сапожников, 50 земледельцев и так далее. Но труд не являлся самоцелью, он рассматривался как служение Богу и должен был сопровождаться молитвами и молчанием. Принятые в число братьев только после некоторого искуса и наставлений, даваемых опытными, «истинными» монахами, становились полноправными членами общежития. Монахи каждой «лавры» делились на декурии. Для каждых двадцати монахов отводилось особенное здание, в котором они и жили под надзором и руководством «домоправителя», причем деление это совпадало с делением монахов по роду занятий. В общем доме у каждого была своя келья, двери которой для облегчения надзора всегда должны были быть открытыми. Три-четыре дома составляли трибу, каждая из которых по очереди в течение недели несла на себе работы, касающиеся всего монастыря, заведуя кухней, церковью и прочим. Утром и вечером все собирались на общую молитву; по субботам и воскресеньям – на литургию. Три раза в неделю «старшие» наставляли братьев в вере и монашеской жизни, разъясняли их недоумения. «Старшие» же руководили и чтением братьев, указывая им, какие книги следует брать из монастырской библиотеки, отвечая на возникавшие по поводу этого чтения вопросы. Таким образом, религиозная жизнь брата определялась известной одинаковой для всех формой более, чем в лаврах Нитрийской или Скитской пустынь или в монастырях Антония. Этим был положен предел личной религиозной инициативе, и желающий спастись, вступая в монастырь Пахомия, признавал известный идеал жизни и, подчиняя ему свою волю, мог проявлять свое религиозное воодушевление только в рамках, данных запечатленной в уставе традицией. Может быть, благодаря этому до известной степени и ограничивался религиозный порыв, но зато традиционная форма жизни, устраняя возможные индивидуальные отклонения, тем более влияла на среднюю массу вступающих, воспитывала их и не позволяла отступать назад.

Отдельные общежития не теряли связи друг с другом. Дважды в год все монахи должны были собираться в главном монастыре, аббату, или «отцу», которого были подчинены местные аббаты. И связь была тем сильнее, что она не была только религиозной. Все сработанное монахами доставлялось чрез посредство местных аббатов в Бафуа, где главный эконом распределял все доставленное между отдельными монастырями сообразно их нуждам, излишек же отправлял на продажу в соседние города, даже в Александрию. И понятно, что, несмотря на все стремление Пахомия огородить монастырь от мира, связь между тем и другим с течением времени только крепла и развивалась.

Так под неограниченной властью главного аббата жила крепкая и единая организация, обеспечивавшая личное спасение определенными формами труда и молитвы, протекавших под строгим и бдительным надзором, и в то же время обеспечившая свое существование продуманной организацией монашеского труда и связью своей с экономической жизнью страны. Труд – неверный источник существования одиноких анахоретов и лавр – стал основой жизни организации Пахомия. Спасение души на собственный страх заменилось спасением ее в определенных формах монастырской жизни, созданных сознательно и обдуманно. Жизни одинокого пустынника была противопоставлена жизнь монаха. И в то же время монахи, когда-то покинувшие мир, вновь подошли к нему, звали мирян в свою гостиницу (ксенодохий), приходили к мирянам, продавая свои товары. Монастырь Пахомия становится важным религиозно-социальным фактором: бежавшие от мира вновь начинают служить ему, может быть, и сами не замечая этого.