В 1793 году в Тамбове епископ Тамбовский рукоположил диакона Серафима в сан иерея, и новопоставленный ревностно приступил к исполнению своих обязанностей. В течение долгого времени он вел службы каждый день, оставаясь на ногах практически беспрерывно. В результате ноги у отца Серафима опухли и покрылись ранами, и он вынужден был отказаться от ведения служб.

В 1794 году в Сарове скончался любимый всеми игумен Пахомий, под началом которого протекала иноческая жизнь отца Серафима. Грустно было последнему расставаться со своим наставником. Желая облегчить ему прощание с земной жизнью, отец Серафим обещал исполнить завет об охранении Дивеевской общины.

Вскоре после смерти отца Пахомия из-за болезни ног святой Серафим удалился в «дальнюю пустыньку», уединенный деревянный домик в нескольких верстах от Сарова. Здесь, в лесу, началась его отшельническая жизнь, которая продолжалась 15 лет.

Домик, а скорее, келья отца Серафима находилась на холме. У подножия холма протекала речка Саровка. Вокруг кельи имелся небольшой огород, окруженный забором. Тропинки, ведущие к келье, были завалены ветками и бревнами, чтобы никто не мог до нее добраться, особенно женщины, которых, по указанию свыше, отец Серафим не считал возможным принимать в лесной глуши.

Среди векового Саровского леса, населенного дикими зверями, начался новый подвиг отца Серафима – подвиг отшельничества: он страдал от холода, однообразной и скудной пищи (почти 3 года питался одной травой «сниткой», которую отваривал вместе с корнями) и комаров (когда он рубил деревья или колол дрова, все тело его покрывалось кровавыми пятнами от их укусов).

Целью аскетического подвига последователя древних христианских пустынников служила постоянная сердечная обращенность к Богу. Днем и ночью отец Серафим не снимал с себя тяжелые железные кресты, клал по тысяче поклонов подряд, ежедневно справлял церковные службы, читал Священное Писание, ночному же отдыху уделял не более 3 часов.

Новый Саровский подвижник никогда не расставался с Евангелием, которое всегда носил в суме за спиной. Ум должен «как бы плавать в Законе Господнем», учил отец Серафим, ибо слово Божие есть истинная пища разума. Питаясь ею, ум начинает различать, что есть добро и что есть зло. Просвещение ума сопровождается прозорливостью, для которой необходимо молчание, предоставляющее свободный путь мыслям Божественным. И только так человеческий ум достигает высшего познания.

Бродя по лесу, отец Серафим следовал земному пути Христа от Вифлеема до Назарета, от Назарета до Иордана и Иерусалима – так отшельник назвал ближайшие к своей пустыньке места. По воскресеньям и праздникам отец Серафим приходил в Саровский монастырь, присутствовал на ранней литургии в больничной церкви, после чего принимал монахов, приходивших к нему за духовным наставлением. «В пребывание его в пустыни вся братия была его учениками», – вспоминали саровские старцы.

Восхождение на пути к святости сопровождалось у отца Серафима удивительными испытаниями, так называемыми страхованиями. Однажды во время молитвы в лесной келье он вдруг услышал страшный звериный рев, потом невидимая толпа с шумом выломала дверь кельи и бросила в комнату громадное полено, которое смогли потом вынести только 8 человек. В другой раз стены кельи развалились, и в нее ворвались воющие звери. В третий раз святому Серафиму явился гроб, из которого встал мертвец. Иногда злые силы поднимали Серафима на воздух и со страшной силой ударяли об пол… Нападения темных сил были опасны для жизни отшельника, и, не будь в нем особой благодати, охранявшей его, он бы погиб, телесно или духовно.