Одна из первых схваток с партийной номенклатурой состоялась у Афанасьева из-за его утверждения, что исторической наукой должны заниматься не члены ЦК и даже не генеральный секретарь, а профессиональные ученые. Хотя в 1987 году речь Горбачева об истории помогла начать процесс, Афанасьев считал, что таких речей больше быть не должно. “Пока существуют такие вещи, – говорил он, – будет существовать и представление, что история делается не в архивах, университетах, людьми пишущими, а на партийных съездах и в парткомах. Такая история остается прислужницей пропаганды и продолжением политики, а не областью знаний того же уровня, как прочие науки или литература. Если власть хочет приобрести авторитет, она должна честно заявить: «Мы полностью порываем с прежним режимом»”.

“Мы рассуждаем о перестройке и говорим: прежняя модель социализма оказалась негодной, значит, нужно построить новую модель и воплотить ее в жизнь, – продолжал Афанасьев. – И опять мы ставим все с ног на голову. Нам надо отказаться от самой идеи целенаправленного построения идеального общества, от культурной привычки верить в безграничные способности и возможности человеческого разума, в частности в возможность искусственно сконструировать модель общества, а потом реализовать ее. Просветители и утописты думали, что возможности безграничны. Что человеческий разум может родить идею справедливого общества, сформулировать его теорию. А потом, по их мнению, эту теорию можно реализовать на практике. Иными словами, общество всеобщей справедливости и процветания можно выдумать из головы. Теперь мы наблюдаем закат этой культуры. Маркс и Ленин исчезают. Они вытесняются так же, как «верная» ньютонова механика была вытеснена общей теорией относительности Эйнштейна”.

К июню 1988 года победа Горбачева в истории с письмом Нины Андреевой позволила руководителям “Мемориала” снова начать надеяться. Афанасьев и либеральный первый секретарь правления Союза кинематографистов Элем Климов решили, что XIX партконференция, которая должна была вот-вот начаться, станет для “Мемориала” шансом. Их обоих выбрали делегатами на конференцию. И у них появлялась возможность представить программу “Мемориала” высшему партийному руководству.

Афанасьев успел подвести политическую и идеологическую базу под заявленные “Мемориалом” цели и задачи. За несколько недель до конференции он составил главную политическую книгу горбачевской эпохи: сборник “Иного не дано”, в который вошли 35 статей ведущих интеллектуалов поколения оттепели. В эпоху гласности эти люди встали во главе общественного движения. Книга самого Горбачева “Перестройка” была переполнена партийными клише, в “Иного не дано” изложение было предельно ясным, а предлагаемые возможности – реалистическими. Сборник под редакцией Афанасьева, опубликованный крупным государственным издательством “Прогресс”, читался как самиздатский манифест, однако вид имел респектабельный, поскольку был отпечатан в типографии и на хорошей бумаге. Афанасьев, Михаил Гефтер, специалист по итальянскому Возрождению Леонид Баткин, журналист Лен Карпинский написали статьи о том, что сталинизм еще не побежден и что для создания цивилизованного будущего необходимо оценить прошлое. Требование правды, трезвого взгляда на историю так или иначе звучало во всех статьях, в том числе в работах Василия Селюнина о советской бюрократии, Алексея Яблокова об экологических катастрофах, Юрия Черниченко об “агроГУЛаге” колхозов, Гавриила Попова о бессмысленности централизованной экономики. Почти всем этим ученым и журналистам приходилось годами изъясняться намеками, прибегать к эвфемизмам или вообще молчать. Присутствие среди авторов еще одного имени составило сборнику безусловную славу. Статья Андрея Сахарова “Неизбежность перестройки” показывала, что диссиденты и более широкий круг либеральной интеллигенции – союзники. Статья Сахарова по изложению не слишком отличалась от его самиздатских работ, зато различен был охват аудитории. Первый тираж сборника составил 100 000 экземпляров. До того как Сахарова выпустили из ссылки, едва ли десять тысяч человек во всей стране слышали и читали о нем что-то, кроме ругани в “Правде” и “Известиях”. О перестройке Сахаров писал так: “Это как на войне. Победа необходима”. Но, чтобы хотя бы начать побеждать в этой войне, писал он, власть должна прекратить афганскую авантюру, внести изменения в уголовный кодекс, способствовать свободе слова, пойти на радикальное сокращение стратегических и обычных вооружений. В следующие два года Горбачев будет практически буквально выполнять предписания Сахарова.