Еще 15 сентября в пражской газете «Католицке новины» появилась «молитва за первого секретаря КПЧ», как ее озаглавил священник-эмигрант Александр Гайдлер в журнале «Студие»: «Уважаемый товарищ Дубчек, в минуты, когда мы читали, что Вы прогуливаетесь ночью по платформе в Чиерне над Тисоу, мысленно мы были с Вами и в молитвах просили для Вас телесных и духовных сил. В часы, когда Вы находились за пределами территории нашей республики, мы снова были с Вами, и молитвы церкви неслись к небу за Вас всех. <…> Мы хотим Вас заверить, что мы и сейчас, каждую минуту, рядом с Вами. Если Вы, днем или ночью, окажетесь один, и Вам будет казаться, что Вы совершенно одиноки, вспомните о миллионах верующих во всем мире, которые возносят за Вас свои молитвы. Наверное, в истории коммунистического движения не было партийного лидера, за которого молилось бы столько христиан, сколько за Вас. Это потому, что мы уважаем Вашу честную позицию в борьбе за справедливость. <…> Призываем Божье благословение на Ваш труд»66.

В епископском циркулярии от 29 сентября говорилось, в частности: «Дорогие братья и сестры во Христе! В жизни отдельного человека и в жизни целых народов есть дни и часы, которые ложатся на нас такой тяжестью, что мы не можем остаться к ним равнодушными. Они так глубоко затрагивают нашу жизнь, наши убеждения, вызывают у нас столько вопросов, опасений и забот, что не позволяют нам молчать или остаться нейтральными; они требуют от нас четких слов и решительных действий. Такие дни проживаем сегодня мы все, как граждане и как верующие христиане, как члены града земного и града Божьего, как люди, несущие совместную ответственность за дальнейшее развитие наших народов, за судьбы человечества и за дальнейшее возрастание Царства Божьего… Дорогие верующие, что означает для нас жить в христианской надежде, что есть наша христианская обязанность в эти дни? Как нам свидетельствовать о своей надежде перед братьями и перед целым миром? Как люди, сознающие свое достоинство, и как граждане этого государства мы в полной мере осознаем и берем на себя все обязательства, которые вытекают для нас из этой ситуации. Мы ясно выразили поддержку „осуществлению правды, справедливости, свободы и человеческого равенства в демократическом социализме“ и столь же четко и решительно продолжаем оказывать эту поддержку. Как христиане, однако, мы хотим идти еще дальше, понимать ситуацию еще глубже, действовать еще духовней: мы должны все видеть, переживать и обновлять в Христовой любви»67.

В первой половине 1969 г. Секретариат по церковным делам продолжал курс, начатый в период Пражской весны – еще 18 апреля министр культуры Мирослав Галушка предложил Бюро ЦК КПЧ по партийной работе в чешских землях (с 1 января 1969 г. Чехословакия представляла собой федерацию – по крайней мере, формально) материал о ситуации с монашескими орденами, где говорилось, что «монашеские общины являются нормальной составной частью римско-католической и греко-католической церкви. В ЧССР никакой закон их никогда не ликвидировал, и они существуют как в правовом поле, так и фактически… Члены орденов и конгрегаций провели в тюрьмах и т.н. централизации в общей сложности 42 763 года, в основном без какого бы то ни было судебного решения. Если же и проходили процессы над монахами, они несут на себе все характерные черты политических процессов пятидесятых годов…»68. Авторы документа предлагали Бюро ЦК КПЧ «в деятельности государственных органов исходить из факта юридического существования монашеских общин… не мешать монашеским общинам принимать новых членов»