Как бы то ни было, по возвращении из Мекки теперь уже Гаджи Алескера, Фатали вернулся в Шеки и продолжил штудировать книги на арабском языке, в том числе «Краткую арифметику» (Xülasətül-hesab) известного математика, астронома и философа средневековья Шейха Бахаи (1547-1622), посвященную проблемам алгебры и геометрии.32 Данный факт свидетельствует о том, что несмотря на свои глубокие религиозные убеждения, Гаджи Алескер заставлял Фатали изучать не только сугубо религиозную литературу, но и светские науки. Он был человеком, открытым к новым веяниям времени. Поэтому когда выяснилось, что Фатали не желает стать священнослужителем и хочет изучить русский язык, то мудрый и рассудительный Гаджи Алескер не воспротивился этому выбору своего приемного сына. Более того, в меру своих возможностей, он помог Фатали осуществить эти свои планы.

К тому времени, в Шеки действовала уездная школа, учрежденная русскими в 1831 году.33 И в 1833 году Фатали был зачислен в эту школу учеником первого класса. Но через год он вынужден был покинуть школу, поскольку двадцатилетнему Фатали не разрешили учиться дальше с семи-восьмилетними мальчиками.

Примерно год спустя, в октябре 1834 года Фатали вместе с приемным отцом приезжает в Тифлис, который в тот момент являлся политико-административным и культурным центром Южного Кавказа. Здесь Гаджи Алескер, благодаря своим связям, устроил его на службу в канцелярию Главноуправляющего гражданской, а впоследствии и военной частью Кавказа, барона Г.В. Розена в качестве помощника драгомана. И с 1 ноября 1834 года он приступил к исполнению своих обязанностей. С этого момента вплоть до кончины в 1878 году жизнь М. Ф. Ахундова была связана с Тифлисом, сыгравшим решающую роль в его интеллектуальном развитии и становлении как личности.

Как известно, в тот момент именно в Тифлисе функционировали важнейшие государственные учреждения и ведомства края. Здесь находилась резиденция сначала Главноуправляющего, в руках которого находилась вся полнота гражданской и военной власти в регионе, а затем и царского наместника на Кавказе. Одновременно Тифлис являлся крупнейшим культурным центром, сыгравшим значительную роль в развитии не только грузинской, но и азербайджанской культуры нового времени.

Без преувеличения можно сказать, что в течение почти целого столетия Тифлис являлся одним из главных центров формирования новой азербайджанской культуры, литературы, искусства, а также зарождения просветительского движения среди азербайджанцев. Даже после превращения Баку в начале ХХ века в крупный национально-культурный центр, тифлисская художественно-культурная среда в значительной степени продолжала сохранять свою немаловажную роль в развитии азербайджанской литературы и искусства. Многие представители интеллектуальной элиты Азербайджана, внесшие огромный вклад в развитие национальной литературы, культуры и печати, в указанный период жили и творили в Тифлисе. Неслучайно, что популярный сатирический журнал «Молла Насреддин» также был основан и долгие годы (1906-1914, 1917) издавался именно в этом городе. В этом отношении в Тифлисе молодой Фатали попал в совершенно новую, незнакомую ему атмосферу.

Немаловажное значение имеет и тот факт, что в исследуемый период в Тифлисе находилось много сосланных на Кавказ царским правительством людей с прогрессивными взглядами, включая декабристов и участников польского восстания 1830 года. Близкое знакомство и даже дружба с этими передовыми людьми сыграли важную роль в дальнейшем интеллектуальном развитии и окончательном формировании мировоззрения молодого Фатали.