Русские книжники XVI века видели в народе России «новый Израиль»: после того как «ветхий Израиль» утратил благодать, издревле почившую на нем, Русь обрела ее, став, таким образом, державой-центром-мира, средоточием святости. Москву тогда воспринимали в большей степени как «второй Иерусалим», а не третий Рим. И в художественной мысли той эпохи образ «второго Иерусалима» закрепился прочно. Русские паломники, совершавшие «хожения» на Святую землю, знали, как выглядит Храм Гроба Господня, какими древлехристианскими святынями наполнен Иерусалим, какие места в нем напоминают о пришествии Христа, касавшегося стопами его земли.

Здесь, на нашей земле, не раз сооружали нечто прямо ассоциирующееся с Иерусалимом – городом древних храмов и святых реликвий. Не случайно в середине XVII века под Москвой вырастет Новый Иерусалим. Эту идею холили и лелеяли в течение долгого времени, она и в предыдущем веке ощущалась как «родная» для интеллектуалов Старомосковской цивилизации. Именно она зашифрована в архитектурном облике Покровского собора что на рву. Ее же, соединив с образом «града небесного», воплотил в Спасо-Преображенском соборе умудренный книжным словом настоятель Филипп.

Главный храм обители наполнили всем необходимым для богослужения: «Иконами же украси и книгами, яко невесту, ризами же и паволоками 34 драгими, сосудами и подсвещники златоковаными и кадилы». И Новгорода Великого настоятель пригласил «доброписцев иконных» Гаврилу Старого, да Илью, да Краса. Собор с любовью украсили извне, а потом с такою же любовью украшали внутри…

В соборе, помимо главного престола во имя Преображения Господня, устроено было еще шесть: Архангела Михаила, преподобных Зосимы и Савваатия Соловецких, святого Иоанна Лествичника, святого Федор Стратилата, Двенадцати апостолов и Семидесяти апостолов. Сам игумен, зная, сколь многое потребуется для того, чтобы в каждом из семи престолов собора можно было служить Богу, сделал огромные пожертвования. Он положил в Соловецкую обитель вкладом икон на 65,5 рублей, Псалтирь, Ирмологий, украшенный золотописью, кое-что из утвари. Вероятно, на иконы, книги и прочее пошли доходы от земель, принадлежавших богатому роду Колычевых. Только так можно объяснить исключительно большие суммы вкладов игумена Филиппа.

Имена придела выбирал настоятель монастыря, и в каждом из них, следовательно, содержится особый замысел Филиппа.

Два «апостольских» придела напоминали инокам о том, что здесь, в местах, где дыхание христианства чувствуется совсем недавно, каждый из монахов, отправляющийся куда-нибудь на Сумь, в Кольские места, на Мурман или даже далее того, оказывается в роли одного из первоапостолов, проповедовавших в языческой стихии слово Божие.

О приделе Архангела Михаила современный историк А.Г.Мельник пишет, что ему досталось особо почетное место. Причина проста: «…Архангел Михаил считался небесным покровителем московской царствующей династии… Более того, архангела Михаила особо почитал и сам царь Иван IV. О чем, кроме всего прочего, свидетельствуют следующие слова его первого послания к князю Курбскому: «Как архангел Михаил был предстателем Моисея, Иисуса Навина и всего Израиля; так же в благочестие новой благодати первому христианскому царю Константину незримо был предстателем архангел Михаил, водивший полки его и одолевавший его врагов, с тех пор и поныне он помогает всем благочестивым царям. Вот кто наши предстатели: Михаил, Гавриил и другие бесплотные силы…». Недаром архангел Михаил был изображен на «Великом стяге» 1560 г. Ивана Грозного. А в 1564 г., т. е. за два года до окончания строительства соловецкого Преображенского собора, при кремлевском Благовещенском соборе по заказу царя наряду с другими приделами был устроен придел архангела Михаила… Итак, можно не сомневаться, что посвящение рассматриваемого придела именно архангелу Михаилу прямо или опосредованно связано с личностью царя». Кроме того, Архангел Михаил – защитник Церкви, вождь святого воинства ангелов, стоящих на страже Божьего закона. В 50-х годах XVI века Россия вела большие войны с иноверцами, с католиками и протестантами. Русские армии, отправлявшиеся на Казань и Астрахань, в Ливонию и на Карельский перешеек чувствовали над собой плеск ангельских крыл – полки небесные с архангелом Михаилом во главе летели над полками православной армии, шедшей воевать за веру. Отсюда и особое к нему отношение коренной Руси…