Англиканская паства Ашера была представлена в основном переселенцами и их семьями. Неискоренимая и глубокая старая вера гарантировала лояльность ирландцев; католические священники и епископы оставались лояльными к власти, хотя кафедральные соборы, церкви, часовни и епископальные резиденции, а также доходы находились в руках чужаков, и клир существовал благодаря пожертвованиям верующих и терпимому отношению правительства.

Ирландские монахи за границей в Риме, Испании и испанских Нидерландах поддерживали связи со своими собратьями на родине. Казалось, можно было почувствовать, как зреют заговоры, преследовавшие одну цель – возвращение Ирландии в лоно своей церкви при поддержке Испании. Так, титулярный епископ Кашела, некая таинственная персона, путешествовал инкогнито между Ирландией и Испанией. Рассказывали, что испанцы платили ему тысячу дукатов в год за его службу и лорд-наместник Уэнтворт все никак не мог поймать его.

Церковь Ирландии напоминала плот, плывущий по воле волн во враждебном море. Она не пользовалась поддержкой всех поселенцев, которые, особенно в Ольстере, склонялись к принятию учения Кальвина, направленного против епископата. Церкви повезло с ее главой, архиепископом Джеймсом Ашером. Это был «высокий, почтенного вида и приятной наружности человек». У него был сильный, несгибаемый характер, он был трудолюбив и аскетичен, прост в общении. Его протестантское мировоззрение основывалось на высокой эрудиции, глубоких знаниях и было согрето, невидимо для всех, жаром его сердца. Лод, не ладивший с ним, уважал его за истинное понимание Ирландии и за честность. Он никогда не противоречил ему при назначении новых епископов и не выступал против его политики. И ирландской церкви было позволено сохранить свой протестантский характер.

В Ольстере равнинные шотландцы, которые переселились за последнюю четверть века, были явными кальвинистами, часто создавая этим проблемы своим епископам. Неповиновение духовной власти, ни при каких обстоятельствах, невозможно было терпеть и дальше. Архиепископ Ашер хотя и неохотно, но поддержал решение лорда-наместника Уэнтворта призвать непокорный клир к порядку. Часть наиболее упорствующих клириков были изгнаны из своих приходов, и они были вынуждены покинуть страну. Епископы Дауна и Дерри были наиболее последовательны в проведении этой политики.

Некоторые изгнанные шотландские клирики отплыли в Новую Англию, но встречные ветры прибили их обратно к берегам Эршира, где к ним присоединились другие беглецы, принужденные покинуть Ирландию. Их отчаянное положение тронуло сердца местных жителей, преимущественно женщин, и домашние хозяйки отправились в Эдинбург, чтобы добиться для беженцев помощи. Когда королевские советники попытались пройти мимо делегации женщин, их представительница своей мускулистой рукой схватила за рукав самого главного из них и твердо произнесла: «Остановитесь, мой господин, во имя Христа, я должна поговорить с вами».

Большинство королевских советников в Шотландии были склонны пойти на уступки кальвинистам, насколько это было возможным, поскольку ситуация в церкви, осложненная экономическими проблемами, была более критической, чем в других королевствах. За семьдесят лет до этого Шотландия стала ареной насильственной кальвинистской Реформации. Обостренные отношения между католиками и кальвинистами еще больше усугубились вследствие национальных противоречий между саксами и кельтами. Старая вера выжила в мятежных горах, но равнинные жители приняли нововведения.

Король Иаков VI проводил свою политику в условиях ожесточенного соперничества между различными партиями аристократов, пока не добился твердой власти над всеми мятежными элементами в Шотландии. Католичество сохранилось в самых глухих местах, но король сделал официальной религией страны протестантизм, в то же время борясь с его крайними проявлениями. Продемонстрировав терпение и изобретательность и прибегнув к взяткам, король убедил очередную церковную ассамблею, собравшуюся при Пертской церкви Кирк Сент-Джонс, вернуться к епископальной системе управления и принять известные «Пять статей Перта». Были, в частности, восстановлены коленопреклонение при причастии, совершаемое епископом таинство миропомазания, основные посты и праздники церкви. Дальше этого он пойти не посмел, всегда придерживаясь одного очень важного принципа в политике: не делать ничего, что привело бы к объединению аристократов и кальвинистов. Он проявил осмотрительность, когда вернул в церковь епископов, но не попытался вернуть источники их доходов, которые были захвачены шотландскими аристократами во время Реформации. Епископы при Иакове были покорны и осторожны в своих действиях, стараясь лишний раз не раздражать лордов. Более того, король оставил в неприкосновенности приходскую организацию церкви, чтобы система нравственного и религиозного контроля в каждой деревне и общине была основана на женевской модели. С помощью старейшин и частых приходских собраний удавалось поддерживать дисциплину и контролировать как священников, так и прихожан.