Братья Боткины (слева направо): Михаил Петрович, Сергей Петрович, Пётр Петрович и Дмитрий Петрович

Из-за финансовых трудностей возможность строительства клиник представилась лишь вначале 1880-х гг. благодаря помощи меценатов. В 1885 г. московская городская Дума удовлетворила просьбу университета о передаче участка земли на Девичьем поле под строительство клиник медицинского факультета Московского университета. Созданная его на базе комиссия под председательством декана факультета Н. В. Склифосовского подготовила к 1886 г. проект Клинического городка. При его разработке был учтён зарубежный опыт организации подобного рода заведений. В 1890 г. были построены факультетская терапевтическая и хирургическая клиники, а также клиника нервных болезней, пропедевтическая терапевтическая клиника, институты фармакологии, общей патологии, патологической анатомии, гигиены. В 1891 г. открылась глазная клиника, а также две госпитальные клиники (хирургическая и терапевтическая).

Строительство клиник велось и на частные средства. Значительную роль в создании Клинического городка сыграла династия Морозовых, внеся один из крупных вкладов в его строительство. В 1887 г. была введена в действие Психиатрическая клиника. Средства на её строительство были выделены известной в Москве благотворительницей Варварой Алексеевной Морозовой (1848–1917). Она родилась в семье богатого промышленника и благотворителя А. И. Хлудова. Но в возрасте 34 лет осталась вдовой, имея на руках троих сыновей. Часть своего огромного состояния В. А. Морозова передала на строительство московских больниц. При её фабрике существовала больница (основана в 1858 г.), родильный приют (основан в 1861 г.).

В 1885 г. благодаря В. А. Морозовой была основана первая в Москве бесплатная общедоступная читальня им. И. С. Тургенева, рассчитанная на 100 читателей и располагавшая большим книжным фондом. Благодаря её благотворительности было положено начало публичных читален Москвы. В 1898 г. В. А. Морозовой была присуждена золотая медаль «За усердие».

В. А. Морозова посвятила реорганизацию психиатрической клиники памяти своего мужа, скончавшегося в психиатрической лечебнице. За свою благотворительную деятельность Варвара Алексеевна удостоилась в 1892 г. благодарности Александра III за свои пожертвования МГУ.

В 1887 г. на Девичьем поле открылась психиатрическая клиника с новейшим медицинским оборудованием, при которой были разбиты сады, огороды, выстроены парники для трудотерапии больных. Строительство психиатрической клиники стало одним из первых благотворительных мероприятий В. А. Морозовой. Клинике было присвоено имя её умершего супруга.

В стенах этой клиники была оборудована большая аудитория, где читали лекции С. С. Корсаков, Г. А. Кожевников, В. П. Сербский. Имелись библиотека и музей. В 1889 г. были построены акушерская и гинекологическая клиники. В 1892 г. при Невропатологической клинике, на средства, пожертвованные профессором А. Я. Кожевниковым, был открыт Неврологический музей.

Здесь же был построен Раковый институт, переименованный потом в Онкологический институт имени П. А. Герцена. Когда Варваре Хлудовой (Морозовой) было 6 лет, от рака умерла её мать. В память о ней, желая облегчить участь больных, страдавших тем же недугом, она и организовала постройку этой клиники, принявшей первых пациентов в 1903 г.

На рубеже 1880–1890 гг. на средства, завещанные А. М. Хлудовым, была построена и передана университету Детская клиника. В 1895 г. была построена клиника кожных заболеваний на средства Г. Г. Солодовникова.