В феврале 2009 года Михаил Ходорковский и Платон Лебедев были этапированы в Москву. 3 марта 2009 года Хамовнический районный суд г. Москвы начал предварительные слушания по новому уголовному делу. Ходорковскому и Лебедеву предъявили обвинения в том, что в составе организованной группы с основными акционерами ОАО «НК «ЮКОС» и другими лицами в период до 12 июня 1998 года они похитили акции дочерних обществ ОАО «Восточная нефтяная компания» на сумму 3,6 млрд. руб, в 1998–2000 гг. были легализованы похищенные на эту же сумму акции дочерних обществ ОАО «Восточная нефтяная компания», а также в 1998–2003 гг. они совершили хищение путем присвоения нефти ОАО «Самаранефтегаз», ОАО «Юганскнефтегаз» и ОАО «Томскнефть» на сумму более 892,4 млрд. руб. и легализацию части этих средств в 1998–2004 гг. в размере 487,4 млрд. руб. и 7,5 млрд. долл.

По данным защиты, в Хамовнический суд вместе с уголовным делом следствие направило сопроводительное письмо, в котором указало конкретного судью, который должен рассматривать это дело. По мнению защиты, это является вопиющим нарушением закона.

В апреле 2009 года Михаил Ходорковский в своем заявлении в адрес суда назвал предъявленные ему обвинения абсурдом. Адвокат Ходорковского Наталья Терехова сообщила, что Ходорковского обвиняют в хищении всей нефти, которую добыла компания с 1998 по 2003 год, – это 350 миллионов тонн. «Но если всю нефть украли, то из каких средств компания платила работникам зарплату? А затраты на бурение скважин, разработку новых месторождений, покупку активов? Из каких средств компания заплатила более 40 миллиардов долларов налогов?» – недоумевала Наталья Терехова.

Гарри Каспаров так высказался о преследовании Ходорковского: «Его преступлением стало не то, что он не заплатил налоги. Как раз наоборот. Его преступлением стало то, что он регулярно платил налоги непосредственно в налогово-финансовое управление. Он хотел быть независимым и честным, что по неписаным законам путинского режима является преступлением».

По мнению кандидата юридических наук, бывшей судьи Мосгорсуда Ольги Кудешкиной (отстранена «за умышленное умаление авторитета судебной власти»), московский городской суд под председательством Ольги Егоровой работает в сговоре с прокуратурой и оказывает давление на судей, чтобы те выносили нужные решения. Согласно редакторской статье, неназванная «часть московских судей» считает, что Егорова была назначена на должность председателя в обход закона.

В июле 2009 года Людмила Алексеева писала о том, что, по ее мнению, «самым важным в деле экс-руководителей ЮКОСа является не его крайняя политизированность, а полное отсутствие в нем правосудия». Неоднократно посещая судебные заседания в Хамовническом суде, Людмила Алексеева отмечала: «Который месяц продолжается этот судебный процесс, а прокуроры до сих пор не представили ни одного разумного довода, доказывающего вину Ходорковского и Лебедева. До сих пор никому не понятно, что украли обвиняемые, у кого, где и когда. Именно об этом надо рассказывать со страниц газет, с экранов телевизоров, с трибун партийных съездов, правозащитных форумов и собраний.

Люди должны знать – закон, о верховенстве которого так много говорил президент Дмитрий Медведев, в деле ЮКОСа нарушается самым наглым и злостным образом».

По материалам сайта wikipedia.ru