В действительности же построение Маклина рушится с самых своих основ: хотя бы потому, что у всех позвоночных есть все отделы мозга, и впервые они появляются задолго до рептилий – ещё у круглоротых (Андреева, Обухов, с. 16). То есть и у самих рептилий мозг содержит все отделы мозга, которые, если верить Маклину, возникают лишь позже, у млекопитающих – просто какие-то отделы развиты больше, другие – меньше.

Современная нейробиология смотрит на концепцию "триединого мозга" как на историческое недоразумение (Барретт, с. 105). Майкл Газзанига иронически называет эту концепцию теорией поезда – где новые слои мозга добавлялись к старым, как прицепляют дополнительный вагон к поезду. На самом же деле "современные нейроанатомы убеждены, что когда наши предки карабкались по эволюционной лестнице от приматов к человеку, то не просто прибавлялись дополнительные навыки, как некогда предполагали, но весь мозг перестраивался вдоль и поперёк […]. Вся система приобретает качественно новые свойства, которые нельзя предсказать, просто складывая свойства её отдельных компонентов. Новая система больше суммы своих частей. Больше – значит другое", резюмирует Газзанига (2017, с. 190).

Иными словами, когда над старым блоком надстраивается новый, то меняются и функции первого, по-иному распределяясь внутри всей новой системы. Данное положение описывается в терминах эмерджентности или фазового перехода, то есть такого эффекта, когда постепенное накопление изменений в какой-то критической точке приводит к рождению качественно нового свойства (обычно это демонстрируют на примере воды, которая при понижении температуры долгое время не меняется, но при нуле градусов просто превращается в лёд, так же, как и при ста градусах становится паром).

Знаменитый нейробиолог Рамачандран вторит Газзаниге, указывая, что фазовые переходы применимы и к происхождению человека. Он пишет, как однажды произошло "взрывообразное развитие определённых ключевых мозговых структур и функций, неожиданные сочетания которых породили в итоге умственные способности, делающие нас особенными […]. Мы прошли через психический фазовый переход. Все старые составляющие остались на месте, но начали совместную работу совершенно новыми способами, которые были чем-то большим, нежели сумма отдельных составляющих" (Рамачандран, 2014).

В нейробиологии феномен фазового перехода выражен принципом энцефализации (или кортикализации) функций, который гласит, что наиболее древние участки нервной системы в ходе эволюции передают свои функции участкам более новым. Таким образом, "совершается переход функционального управления из спинного мозга через все уровни центральной нервной системы от низших к высшим её этажам или отделам. При этом переходе функций вверх первоначальные центры сводятся на роль лишь передаточных инстанций" (Рубинштейн, 2009, с. 127).

Если у низших млекопитающих кора мозга (эволюционное наиболее позднее образование) ещё не имеет ведущей роли, и они вполне себе могут продолжать осуществлять необходимое поведение даже после её разрушения, то разрушение коры у высших млекопитающих уже приводит к необратимому нарушению поведения (Лурия, 2006, с. 56). К примеру, если у крысы полностью удалить кору мозга, то она перестаёт различать формы предметов, но продолжает реагировать на свет, но если же проделать подобное с обезьяной, то она станет уже совершенно слепой. После удаления двигательной коры кошка уже через несколько часов сможет снова двигаться, собака только через 24 часа сможет снова стоять, но какие-либо движения становятся невозможны (нервная система кошачьих чуть проще, чем у собачьих), а обезьяна же после аналогичной операции даже стоять сможет лишь с посторонней помощью.