Другие итоги не радужны. Россия восстановила хозяйство, подорванное войнами Грозного и оправилась от демографического кризиса 1568–1571 гг., но голод 1601–1603 гг. вызвал новые потери, так что общий прирост населения за 20 лет был невелик. Нелюбовь (и неспособность) Бориса к войнам не позволила России добиться от шведов права морской торговли на Балтике. Дворянство же, не прореживаемое войнами, численно приросло и обнищало. За годы правления Годунова положение крестьян ухудшилось, они были закрепощены. Ответом голоду и закрепощению стали разбойные отряды (восстание Хлопко). Десятки тысяч бежали на юг – в Черноземье и к казакам; возникла критическая масса вооруженных людей, недовольных царём и жаждущих перемен.

Важнейшим достижением Бориса было учреждение Московской патриархии (1589). Окрепло и международное положение страны. Схлынула волна русофобии; Россию, пусть условно, но признали государством Христианского мира. Годунов обменивался подарками с королевой Англии и австрийским императором. На Востоке он был в союзе с шахом Ирана. Крымский хан, потерпев поражение под стенами Москвы (1591), не решался вторгаться в русские владения. Победа не была заслугой Бориса, но в сдерживании хана он сыграл важную роль. Годунов всячески расширял контакты с европейскими странами. Он поселил в Москве ливонских купцов и дал им деньги на торговлю. Приглашал немецких промышленных и воинских людей. Послал несколько молодых дворян учиться в Европу.

Борис любил строить. Обычно называют колокольню Ивана Великого, водопровод с насосом в Кремле, каменные лавки, первые в Москве богадельни, но несравненно важнее было крепостное строительство. Все города, построенные при Борисе, были крепости. В Москве воздвигли каменные стены Белого города, в Астрахани – кирпичный кремль. Крупнейшим сооружением стала Смоленская крепостная стена, известная как «Годуновская стена», а ныне как Смоленский кремль. В 1596 г. Борис сам указал места для стен и башен и произвел закладку стен. Вернувшись, Борис сказал царю Фёдору, что Смоленск станет «ожерельем всей Руси православной». Строительством ведал лучший зодчий, Фёдор Конь. Годунов не жалел средств: он предвидел войну с Польшей. Крепостная стена длиной 6,5 км с 38 башнями была завершена в 1602 г. В 1609 г. к Смоленску подошел с 30-тысячным войском Сигизмунд III. На требование сдать крепость воевода М. Б. Шеин ответил отказом. Началась 20-месячная (!) осада. Пяти тысячам ратников Шеина помогал весь город. Король постоянно получал подкрепления, но все попытки взять Смоленск разбивались о его стены. Смоленск стал символом несломленной России. Город взяли, когда от мора погибли почти все его защитники (1611), но Сигизмунду не с кем было идти на Москву. Защитники Смоленска спасли Россию; немалую лепту в их подвиг внёс Годунов.

После смерти Бориса его семью, его прах и саму его память постигла жестокая участь. Наследник Бориса, сын Фёдор, царствовал всего 49 дней и был свергнут с престола. Перед вступлением «царевича Дмитрия» в Москву Фёдор и его мать Мария были задушены. Убитых объявили самоубийцами, им отказали в погребении по обряду и закопали возле ограды бедного Варсонофьевского монастыря на Сретенке. Туда же перенесли из усыпальницы русских царей в Архангельском соборе в Кремле останки Бориса. После свержения «Дмитрия» Василий Шуйский в пику самозванцу решил перезахоронить Годуновых. Их прах торжественно отнесли в Троице-Сергиев монастырь и похоронили рядом с Успенским собором. Ксению Годунову убийцы оставили жить, как утверждают, чтобы потешить «Дмитрия». Позже царевну отправили в монастырь, и дальнейшая жизнь её прошла монахиней в монастырских стенах. В возрасте 40 лет она умерла и была похоронена рядом с родителями.