Как раз тогда на месте Ассирии при Набополассаре и сыне его Навуходоносоре начало возвышаться царство Ново-Вавилонское. В то же время Египет при Псамметихе около 650 г. до н. э. снова освободился от ассирийского ига, наложенного на него Ассаргаддоном, и достиг выдающегося положения. Поэтому состояние Иудеи стало хуже прежнего. Находясь как раз между двумя могущественными державами, она могла быть раздавлена ими.

Сын и преемник Псамметиха фараон Нехао II (670) задумал воспользоваться минутной слабостью ново-вавилонского государства при состарившемся Набополассаре и, следуя примеру великих фараонов, Сефа I и Рамзесов I и II, перенес военные действия в Сирию. Весной 608 г. он оставил Мемфис и двинулся к Евфрату по старой военной дороге. Когда он проходил долину Изреельскую, ему навстречу вышел царь иудейский Иосия. Сражение произошло при Мегидде. Иудеи не смогли выдержать натиска многочисленного и хорошо обученного войска египтян. Сам Иосия погиб. Нехао, не заботясь более об Иудее, продолжал путь дальше на север и овладел Сирией. На обратном пути он посадил на иудейский престол второго сына Иосии Иоакима.

Но владычество Нехао над Сирией и Палестиной продолжалось лишь до тех пор, пока против египтян в 605 г. до н. э. не выступил Навуходоносор. Недалеко от Кархемиша, на берегах Евфрата, произошла решительная битва. Нехао потерпел жестокое поражение и отступил в Египет. Навуходоносор не преследовал его, а поспешно направился в Вавилон, где, как он опасался из-за смерти отца Набополассара, могли возникнуть беспорядки и появиться какой-нибудь претендент на престол. Поэтому он отложил на время подчинение себе Иоакима и других мелких владетелей. Через 5 лет после битвы при Кархемише Нехао, успевший оправиться от тяжелого поражения и затаивший мысль об отмщении, убедил Иоакима отложиться от Навуходоносора. Иоаким вскоре умер, а явившийся туда опять Навуходоносор отбросил египтян к их границам и на обратном пути наказал иудейского царя Иехонию, вступившего на престол после Иоакима. В 597 г. Иерусалим был окружен со всех сторон и должен был отворить ворота неприятелю. На этот раз Навуходоносор пощадил Иерусалим, но оставшиеся в нем сокровища и храмовые сосуды были разграблены; молодой царь с матерью Некустой и знатнейшими жителями, воины и разного рода мастера и рабочие числом 7000 были уведены пленными в Вавилон. Царем победитель поставил 4-го сына Иосии Седекию.

Четыре года уже сидел Седекия на престоле иудейском, когда явились к нему послы царей сидонского и тирского и принялись искушать его изменой. Прибыли также послы аммонитян, моавитян и эдомитян. Они надеялись соединенными силами свергнуть ненавистное вавилонское иго. И на этот раз пророк Иеремия ревностно предостерегал от восстания. Но когда египетский фараон Хафра обещал помощь, иудеи восстали (589). Египетская помощь пришла слишком поздно. Навуходоносор налетел, подобно урагану, на Иерусалим и осадил его. Попытка египтян освободить город была отбита. Иерусалим был стеснен до невозможности, иудеи защищались с величайшим упорством и храбростью. Но нужда в городе увеличивалась с каждым днем. К страшным потерям убитыми и ранеными в сражениях добавились чума и голод. Однако царь и его советники оставались непреклонны и, не обращая никакого внимания на благоразумные советы Иеремии, решили защищаться до последнего. Наконец, после полуторагодичной осады, вавилонянам удалось взять приступом северную часть города, а затем оттуда постепенно завладеть и остальными его частями. Седекия бежал, но был настигнут близ Иерихона. Несчастному народу пришлось вынести ужасное наказание. В присутствии Седекии были казнены его сыновья и высшие иудейские сановники; самого Седекию ослепили, в оковах отвели в Вавилон и там заключили в темницу. Иерусалим был предан огню и мечу. Первосвященник Сераия и множество именитых граждан также были казнены. Так свершилась судьба иудейского царства. Иудеи потеряли все, кроме надежды: «на реках вавилонских сидели они» и ожидали времени, когда пробьет последний час и для царства вавилонского. Лишь немногие бедняки остались в городе. Среди них находился и пророк Иеремия. Победитель отличил его особой милостью и позволил ему самому избрать себе местопребывание. Иеремия решил, что лучше остаться с осиротевшими согражданами в отечестве, чем следовать за изгнанниками на чужбину. Но злая судьба его народа не дала ему воспользоваться тем, что дозволил ему победитель. Когда неприятель удалился, спасшиеся бегством вернулись в Иудею и в городке Массифе умертвили вавилонского наместника, поставленного над оставшимися жителями Навуходоносором, и бывших при нем воинов. Это убийство повергло в ужас несчастный народ и, страшась, что гнев вавилонского царя не пощадит и невинных, он бежал в Египет, несмотря на увещания Иеремии. Будучи не в силах убедить беглецов, сам пророк последовал за ними, чтобы не оставлять соотечественников. В Египте, как и в плену вавилонском, Иеремия и другие, следовавшие за ним пророки старались удерживать иудеев от принятия иноземного идолопоклонства и поддерживать в них сознание, что они, будучи народом избранным, должны живо сохранять дух веры и Моисеевы законы. Только при соблюдении этих условий, возвещали пророки, Иегова не вечно будет на них гневаться, снова возвратит их из изгнания в отечество, а из рода Давида, царствование которого было в воспоминаниях иудеев высшим идеалом, произойдет новый блистательный и могущественный владыка мира. Эта идея, принявшая в народном сознании образ будущего Мессии, осуществилась гораздо позже и в ином смысле. Надежда же на возвращение на родину исполнилась менее чем через сто лет благодаря переменам, испытанным Азией при персидском царе Кире.