Капитаном «Вальдивии» назначили Адальберта Креха, которого характеризовали как опытного моряка с никогда не покидавшим его юмором и необычайной добросовестностью в управлении кораблем. Большой, «капитанский» живот, золотая цепочка от часов на груди, суконный сюртук с четырьмя золотыми нашивками на рукавах, седые борода и усы, плотно сидящая на голове фуражка с лакированным козырьком, муаровой лентой и примятой тульей, массивное обручальное кольцо на мизинце левой руки, а по торжественным случаям А. Крех прикреплял к левой стороне груди три награды на ярких лентах, что делало его фигуру еще более импозантной. Штурманскую группу составляли четыре офицера: старший офицер Брунсвиг наряду с порученным ему надзором за экипажем заведовал всеми работами экспедиции, два вахтенных офицера сменялись на мостике через каждые четыре часа, т. е. несли вахту «четыре через четыре», четвертый офицер отвечал за навигационное обеспечение судна и координаты научных станций. Работу двигателя и лебедок обеспечивали пять машинистов – механиков: главный машинист, его помощник, два младших машиниста и ремонтный машинист (реммеханик). Впрочем, во время экспедиции произошел лишь один случай, потребовавший ремонта палубного механизма: во время пробных драгировок в Северном море сломался барабан лебедки, но поломку быстро устранили в Эдинбурге.
В научную группу, возглавлявшуюся К. Чуном, входило 13 учёных и ассистентов, среди них – ботаник В. Шимпер, океанограф Г. Шотт, химик П. Шмидт, зоологи К. Апштейн, Ф. Врем, Э. Вангеффен, А. Брауер и О. Штрассен, врач и бактериолог М. Бахман, умерший во время экспедиции. Всем ученым предоставили отдельные каюты. Всего на «Вальдивии» в море вышло немногим более 60 человек. На первом этапе экспедиции ее гостем был англичанин Дж. Меррей, за три года до описываемых событий закончивший титанический труд по редактированию 50 томов «Отчетов «Челленджера»». Большое значение, придававшееся правительством Германии этой первой немецкой глубоководной экспедиции, подчеркивалось присутствием на борту графа А. Посадовски, Государственного секретаря по Министерству внутренних дел. Да, в те старые добрые времена даже коронованные особы считали за честь посетить борт судна глубоководной экспедиции, осмотреть лебедки, коллекции, откушать в офицерской кают-компании.
1 августа 1898 года «Вальдивия» вышла из Гамбурга в плавание. Щелкали затворы фотоаппаратов, ученые в цилиндрах, котелках и шляпах толпились на палубе, из трубы парохода валил густой черный дым, оркестр на берегу играл что-то сентиментально-бравурное. Экспедиция началась. Она была прекрасно оборудована, к тому же большинство конструкций приборов на ее борту уже были испытаны другими экспедициями. Все было изготовлено с предельной, немецкой тщательностью, боцманская команда умело обращалась со всеми приборами, спуско-подъемными устройствами и лебедками. Многие приборы из арсенала «Вальдивии» ныне ушли в небытие, например механические лоты для измерения глубин: их заменили современные эхолоты, но сколько же сделали эти архаичные на взгляд современного электронно-компьютерного океанолога приборы для прогресса науки! С каким умением и мастерством они были изготовлены!
К. Чун и «Вальдивия».
Первое, что сделали, выйдя из Гамбурга в Северное море, – опробовали траловое оборудование на мелководье Доггер-банки, затем продолжили путь в Эдинбург. Погода была штормовая, и укутанные в пледы ученые за обедом садились ближе к дверям, многие укачивались. В Эдинбурге попрощались с Дж. Мерреем, после чего взяли курс на Фарерские острова, и вскоре к северу от хребта Томсона провели первую драгировку на глубине 486 метров, получив богатейший улов морских ежей, офиур, стеклянных губок, морских пауков, а затем последовала еще одна драгировка, принесшая более 500 колоний стеклянных губок. Установилась прекрасная погода. «Вальдивия» обогнула самый южный из Фарерских островов и, достигнув 62° с. ш., пошла вдоль 15° з. д. на юг, к Канарским островам. Середина августа в северной Атлантике была штормовой, но все-таки было решено приступить к планктонным исследованиям, благо все типы сетей работали хорошо. На широте Гибралтара и Мадейры на глубине 150 метров провели драгировку на вершине подводной горы и поймали огромное количество морских лилий. У Канарских островов на поверхности воды появились плейстонные организмы (живущие у поверхностной плёнки воды), перемещающиеся под действием ветра: кишечнополостные велеллы, напоминающие шлюпки под парусами, и брюхоногие моллюски янтины. От Канарских островов повернули к берегам Африки и дальше, на юг, вплоть до Кейптауна, шли вдоль ее западного побережья, то удаляясь от него, то приближаясь к нему, пересекая течения восточной части Атлантического океана и проводя в них планктонные исследования.