Глубоководные уловы донной фауны, добывавшиеся с помощью двубимового трала, были незначительны, и Альберт I попробовал увеличить их, применяя оттер-трал, использовавшийся для ловов в толще воды. Оттер-трал представляет собой мешкообразное отцеживающее орудие лова, буксируемое за две траловые доски. Попытка провести донное траление оттер-тралом на глубине 3465 метров, предпринятая в 1905 году, оказалась неудачной, и, вероятно, он применялся в дальнейшем в донном режиме на глубинах не более 2000 метров. Начиная с 1904 года, для определения нагрузок на трос стал применяться динамометр, что упростило определение «посадки» трала на грунт и повысило результативность донных тралений. Вновь произошла встреча с лизионассидами: в 1903 году одного из представителей этого семейства, Эуритенес гриллюс, поймали на глубине 4780 метров, а позже обнаружили такого же в желудке глупыша, морской птицы из отряда трубконосых. Это наводило на мысль о вертикальных миграциях этих активных хищников.

Все плавания Альберта I проходили в северной Атлантике, в тропических областях которой обычен колониальный гидроид – сифонофора Физалия физалис. Физалия всегда плавает по поверхности воды, тело ее состоит из плавательного пузыря, наполненного газом, и большого количества щупалец, находящихся под водой. Плавательный пузырь имеет диаметр 10–15 сантиметров, его гребень окрашен в яркий фиолетово-красный цвет. Длина щупалец достигает 20–30 метров, многие из них снабжены стрекательными клетками, которые содержат довольно сильный яд. Прикосновение к щупальцам вызывает сильную боль, оставляя следы, подобные следам от ожогов крапивой. Яд очень стоек, так что даже выброшенные на берег во время шторма и высохшие затем на солнце фрагменты щупалец со стрекательными клетками могут вызывать ожоги и отравления. Животное это давно интересовало Альберта I, и он предложил французским физиологам Ч. Рише и П. Портье исследовать природу эффекта, производимого ядом физалии, благо на борту «Принцессы Алисы II» имелись комфортабельные лаборатории для этой цели. К решению проблемы приступили в экспедиции 1901 года, а первичные результаты, полученные в судовой лаборатории, легли в основу экспериментов в парижской лаборатории. Было описано явление анафилаксии (от греческих «ана» – вновь и «афилаксия» – беззащитность) – вид аллергической реакции немедленного типа. В 1913 году Ч. Рише за эту работу был удостоен Нобелевской премии по медицине и физиологии.

В начале XX века в районе Бискайского залива у побережья Бретани катастрофически снизились уловы сардины, что сказалось на рыбной промышленности. Альберт I пытался разобраться в причинах явления и в 1903 году перенес свои исследования в эти промысловые районы. С 1904 по 1907 год в научных программах экспедиций «Принцессы Алисы II» доминирует морская метеорология, проводятся эксперименты с бумажными змеями и несколькими типами воздушных шаров, некоторые из которых достигали высоты более 16000 метров. Активно работают постоянные спутники Альберта I: П. Портье изучает океанских бактерий, Д.Я. Бьюкенен – щелочность и удельный вес морской воды, Ж. Ришар изучает поверхностный планктон и приступает к составлению схемы батипелагических вертикальных перемещений планктона. Размер рам больших планктонных сетей с 3 × 3 метров увеличивается до 9 × 9 метров, совершенствуется и другая техника планктонных исследований. В 1909 году над глубиной 5940 метров в течение пяти дней и ночей проводится станция по изучению планктона, что было своеобразным рекордом для того времени.