К общим вопросам гистологии его привело изучение морфологии турбеллярий, которыми он занимался, как уже было сказано, со студенческих лет, продолжая эти работы в Перми, а потом возвращаясь к ним время от времени до конца жизни. С конца прошлого века при изучении морфологии беспозвоночных стало обязательным широкое применение арсенала микроскопической техники, и поэтому зоологи-«беспозвоночники» с того времени волей-неволей стали в большей или меньшей степени гистологами. При изучении тканей турбеллярий и других низших беспозвоночных (особенно немертин и губок) В.Н. пришёл к выводу, что обычные суждения о тканях, опирающиеся по преимуществу на гистологию высших животных, и классификация тканей с делением их на 4 типа – для низших беспозвоночных совершенно не подходит. Если охватить все известные среди животных и растений типы клеток и тканей и поставить вопрос о системе их, то придётся по-новому подойти к самому понятию ткани, а равным образом и к пониманию процессов тканеобразования. Это он и делает, считая примитивнейшей клеточной системой паренхиму губок и бескишечных турбеллярий. Это ещё не ткань, по представлению В.Н., но из хаотического конгломерата клеток, каковым является паренхима, можно вывести все известные формы тканей. Несколько упрощая рассуждения В.Н., можно сказать, что процесс тканеобразования в онто- и филогенезе есть формирование из паренхимы упорядоченных морфологически и функционально специализированных структур. Пути этого процесса и разбираются в рассматриваемой работе В.Н. Беклемишева.

Казалось бы, что эти мысли, высказанное в печати в 1925 году, должны были быть подхвачены гистологами, особенно если принять во внимание, что лишь немного времени спустя зародилась и развернулась эволюционная гистология, созданная в нашей стране трудами А.А. Заварзина и Н.Г. Хлопина. Казалось бы, что эти авторы должны были либо положить работу В.Н. Беклемишева в основу эволюционной гистологии, либо подвергнуть ее уничтожающей критике: ведь в ней даны по-новому основные понятия гистологии, в том числе самое понятие ткани. Однако ни того, ни другого не произошло. Оба этих автора, хорошо знавшие лично В.Н. и высоко ценившие его, прошли мимо гистологических высказываний В.Н., вовсе их не заметив. Они даже не цитируют в своих монографиях ни работы В.Н. 1925 г., ни его сравнительной анатомии (1944), где эти же взгляды повторены в сжатом виде. Это тем более странно, что А.А. Заварзин, черпая larga manu (как и В.Н. Беклемишев) факты и воззрения из классических сочинений И.И. Мечникова, в своей монографии (1945–1947) приходит порою к выводам, сходным с высказываниями В.Н. Беклемишева (например, в критике теории гастреи, отрицании существования тканей у губок и пр.). А Н.Г. Хлопин (1947) почти буквально повторяет вывод В.Н. Беклемишева о невозможности уместить многообразие тканей в 4 типа, всюду фигурирующих в учебниках гистологии. Причиной этого странного невнимания крупнейших гистологов к работе В.Н. 1925 г., по-видимому, явилось то, что они попросту не поняли его и притом настолько, что им показалось все написанное в этой работе не относящимся к области гистологии. А произошло это потому, что понять ее может только тот, кому известны общеморфологические установки В.Н., изложенные в других местах. Позднее (в конце 50-х годов) Н.Г. Хлопин оценил значение работ В.Н. для гистологии и начал глубокую перестройку своих взглядов на основании данных сравнительной анатомии В.Н. Беклемишева 1944–1952 гг.

Параллельно с морфологическими работами В.Н. начал в Перми работы в других направлениях. Сначала в течение нескольких лет он занимался опытами по действию солей на пресноводных ракообразных и простейших в связи с проблемой заселения бассейна р. Волги каспийскими формами. К этим вопросам привели его изучение фауны каспийских турбеллярий, а отчасти находки в Каме (работниками биостанции в Н. Курье) каспийских иммигрантов. Результатом этих работ было появление нескольких экспериментальных исследований, затронувших очень глубоко и физиологическую сущность вредного воздействия изменений солевого состава среды на животных, и методику количественного учёта ядовитого воздействия (уравнения ядовитости) и вопросы, связанные с историей Каспия и экологией его обитателей.