Функционирование объекта в конкретном отношении имеет внутренний и внешний характер. В процессе функционирования реализуются связи между элементами объекта, т.е. отношения. «Функциональный аспект системного анализа,…, смотрит и в недра исследуемой системы, дабы раскрыть механизм ее внутреннего функционирования,…, и в окружающий эту систему мир, в ее реальную среду, взаимодействие с которой составляет внешнее функционирование системы» (42, с. 23). Связь или отношение выступает в качестве посредника между сторонами целого, содержание же определяется спецификой сторон и их взаимосвязью. Внутреннее отношение (связь) элементов сохраняется в процессе функционирования и выступает как форма бытия многого в едином, как пребывание общего в индивидуальном, целого в частях. Характер функционального отношения между элементами формирует инвариантный модуль как структурное образование.

Качество функционирующего объекта проявляется вовне, т.е. реализуются и внешние связи. Внешним проявлением качества объекта, выступающего в отношении в качестве относящейся стороны, выступают свойства. Функционирование системы в среде опирается на определенную упорядоченность ее элементов, отношений и связей. Любое отношение фиксирует определенное состояние объектов, вступающих во взаимодействие. Это состояние характеризуется состоянием тождества, отношением различия, отношением противоположностей и, наконец, противоречием. Таким, образом, отношение сторон носит динамический характер, т.е. в процессе отношения происходит обмен относящимися сторонами энергией и информацией, и отношение существует как противоречие (24). Для большинства дефиниций диалектического противоречия характерно его определение как отношения: «…отношение как обусловленность свойств явлений выступает объективным и необходимым компонентом содержания любого вида противоречий, условием их возникновения, существования и разрешения» (35, с. 44). Противоречие выступает формой взаимодействие сторон, как взаимодействие взаимопроникающих противоположных тенденции, как самопротиворечивость вещи. Развитие в данном случае предстает как саморазвитие. Байлук отмечает, что любая система в процессе своего функционирования включает взаимодействие с внешними условиями, или функциональное взаимодействие, и структурное взаимодействие. В ходе функционального взаимодействия внешние условия непрерывно изменяются, что ведет к изменению функций системы, которое, в свою очередь, оказывает обратное воздействие на структуру и на систему в целом. Одновременно и в самой системе в силу внутренних взаимодействий в ее структуре и элементах также происходят изменения, т. е. изменяются и внутренние условия. Пока изменения внутренних и внешних условий происходят в рамках меры, система функционирует (35).

Такая характеристика функционирования как устойчивость говорит о том, что в процессе его воспроизводства сохраняется структура и качественное состояние объекта. Функционирования объекта осуществляется в рамках «функционального отношения» (Ю. П. Андреев), которое характеризуется взаимной определенностью и направленностью свойств объектов. В обусловленности свойств проявляется единство объектов отношения как противоположных сторон отношения, устойчивость и взаимность их сосуществования (35).

Пока возникающие противоречия не приводят к изменению структуры объекта их относят к противоречиям функционирования. Но, неподвижность функционирования относительна «и состоит лишь в противопоставлении жизненной пульсации и развития» (35, с. 240 – 241). В процессе функционирования происходят малосущественные в данный момент, но постепенно накапливающиеся изменения во внутренних и внешних условий существования объекта, создающие количественные предпосылки развития объекта. Когда мера нарушается и количественные изменения переходят в качественные, происходит разрушение старой структуры. В процессе развития разрушение одной структуры сопровождается возникновением другой на основе диалектически взаимосвязанного изменения внутренних и внешних условий. Пока возникающие противоречия не приводят к изменению структуры объекта (к возникновению нового системного качества), они выступают как противоречия функционирования. Изменения, происходящие в рамках меры, сохраняют соотношений элементов объекта. При превышении меры имеющаяся структура объекта разрушается и происходит изменение соотношения сторон внутренних отношений. В этом случае, противоречия функционирования сменяются противоречиями развития. Разрешение противоречий связывается исследователями с их взаимопроникновением и саморазвитием противоположностей в едином, установлением тождества сторон отношений.