(Образно говоря, Y-ДНК конкретного носителя является длинным словом, написанным алфавитом из четырёх букв: A, G. C, T.)

В ней выделяются гены – части Y-ДНК, содержащие необходимую информацию для биосинтеза белков и нуклеиновых кислот (кодирующие последовательности ДНК). Совокупность всех генов Y-ДНК называется кодирующей Y-ДНК (примерно 2% всех нуклеотидов), остальная, не кодирующая Y-ДНК часть – «мусорной» Y-ДНК (около 98%). Считается, что мусорная Y-ДНК не имеет критически важной функциональности, поэтому её изменение не вызывают каких-то специфически последствий у носителя (по крайней мере в фенотипе [В: Фенотип]). Но именно мусорная Y-ДНК является объектом изучения ДНК-генеалогии. И вот почему.

Как известно, Y-ДНК передается от отца к сыну без изменений. Почти. В ходе такой «передачи» осуществляются сложные процессы, связанные, в частности, с репликацией (синтезом копии, копированием) отцовской Y-хромосомы, осуществляемой ферментом ДНК – полимеразой, а также определенным набором молекулярных инструментов «копировальной машины» [1.14]. В сложных процессах, повторяемых к тому же многократно, неизбежны сбои, приводящие к ошибкам копирования, отличиям копии от оригинала, то есть к МУТАЦИЯМ. Считается, что сбои носят случайный характер; для их формализованного описания используются модели теории вероятностей и математической статистики.

(Продолжая образ Y-ДНК как слова из 50 млн букв, её копирование при передаче от отца к сыну можно сравнить с перепечаткой слова машинисткой, а снип-мутацию – с ошибкой машинистки всего в одной букве. Понятно, что это нереально хорошая машинистка и вероятность её единственной опечатки очень мала.)

ДНК-генеалогия рассматривает мутации двух типов: SNP (снип-мутация [В: Однонуклеоидный полиморфизм]) и STR (стир-мутация [В: Микросателлиты]). Ниже рассматриваются только снип-мутации или СНИПЫ, «точечные», связанные с заменой основания в одном нуклеотиде. Снип оставляет «зарубку», метку на Y-ДНК и, поскольку эта мутация практически необратима, такая же метка будет у всех прямых потомков по мужской линии меченого (мутанта) вплоть до её пресечения (последний на линии отец не родил сына). Линий таких может быть несколько, так как отец-мутант может иметь несколько сыновей; по той же причине по несколько линий может исходить от каждого из потомков мутанта, прерывающихся, как мы уже сказали, на потомке, не родившем сыновей.

Возникает структура типа «дерево», называемая снип-родом и возглавляемая снип-родоначальником, первым получившим рассматриваемую снип-мутацию. Более чётким определением снип-рода будет, пожалуй, следующее: снип-род, соответствующий снип-мутации и возглавляемый снип-родоначальником (общим предком всех носителей снип-мутации), первым её носителем – это группа людей, все мужчины которой возводят своё происхождение к снип-родоначальнику по одной линии (восходящей к нему цепочке, звенья которой связаны отношением «сын-отец»).

Как видно из данного определения, к снип-роду относятся не только все живущие на момент рассмотрения мужчины, но и жившие в прошлом, возможно, весьма далёком, если снип-мутация достаточно древняя. И кроме актуальных линий там присутствуют многочисленные пресекшиеся: молодые мужчины, не успевшие родить сыновей, гибли в войнах и катастрофах во все времена в больших количествах.

Понятно, что какой-то член рода может стать обладателем новой, «своей» снип-мутации и новым снип-родоначальником. Тогда его, новый снип-род станет частью старого, между ними возникнет отношение типа «потомок-предок», сами снип-роды образуют иерархическую древесную структуру (т.н. филогенетическое дерево [В: Филогенетическое дерево]. Вершины дерева – снип роды – получают свои структурированные имена-коды (снип-этнонимы). Например, T1a (ноиты) – потомок T1 (каиниты), потомка T (адамиты).