Традиционно выпускники университетов после получения диплома отправлялись повышать квалификацию в другие учебные заведения. Так поступает и Галлер: путь его лежит в Англию, в Кембридж, затем во Францию, в Париж. В 1728 году он возвращается в Швейцарию и оседает в Базеле, где приступает к врачебной практике и, стремясь расширить кругозор, посещает лекции по высшей математике и физике известного профессора Иоганна Бернулли. Несмотря на свою высокую профессиональную востребованность, Галлер видит себя больше теоретиком и естествоиспытателем, нежели практическим врачом. Как-то он даже пошутил, что пациент начинает его интересовать только «после смерти, когда можно осуществить секцию его тела». Вероятно, ему недостает общительности и открытости, без которых практическому врачу приходится весьма трудно. Его больше привлекает мир собственных мыслей и ощущений. В 1729 году Галлер публикует поэму «Альпы», принесшую ему известность как незаурядному поэту. Занимаясь изучением альпийской ботаники, ученый был потрясен величием и красотой Альп. В поэме он восхищается ими и в таком же романтическом ключе описывает быт и труд крестьян, противопоставляя их жадной и безжалостной цивилизации городов.

В 1731 году Альбрехт обзаводится семьей и через три года вместе с ней переселяется в родной Берн, где читает лекции по анатомии и возглавляет муниципальную больницу. Размышляя о жизни, в 1734 году Галлер пишет философскую поэму «О происхождении зла», которая впоследствии была переведена на многие языки, в том числе Николаем Карамзиным на русский язык в 1786 году

В 1736 ГОДУ УЧЕНЫЙ ПОЛУЧАЕТ ПРИГЛАШЕНИЕ В ТОЛЬКО ЧТО ОТКРЫВШИЙСЯ Геттингенский университет имени Георга Августа. В пути семью Галлеров настигает горе: трагически погибает его жена Марианна. Если в детстве справиться с потерей ему помогли книги, то теперь Альбрехт с головой погружается в работу. Он преподает на кафедрах анатомии, физиологии, хирургии, ботаники и химии. Молодой профессор мгновенно становится известен как замечательный лектор, что привлекает в университет толпы новых студентов из многих уголков Европы. Став фактически флагманом науки в Геттингене, Галлер основывает анатомический театр, ботанический сад, родильный дом для простых горожан, газету научных сообщений. Это наиболее плодотворный период его жизни, но в личной жизни его вновь преследуют несчастья: вторая жена Альбрехта Элизабета умирает при родах в 1740 году.

Как уже опытный литератор, Галлер отлично владеет словом. Теперь у него достаточно материала для написания первых крупных научных трудов. С 1739 по 1743 год он публикует комментарии к трактату «Установления медицины» своего наставника Бургаве. В 1742-м выходит его книга, посвященная ботанике швейцарской флоры, где ученым предложена новая систематика растений по строению плода и внешнему виду.