Не только в Галлии были недовольны Римом, в самом Риме в январе 52 года до н. э. после убийства Клодия начались беспорядки. Сенаторы стали вести переговоры с Помпеем о наделении его чрезвычайными полномочиями диктатора. Гней Помпей публично отрицал намерение стать диктатором. Он советовался по этому вопросу с Цезарем. И вновь галльский наместник предложил новый династический брак: Помпей должен был жениться на родственнице Цезаря Октавии Младшей, а Цезарь хотел взять в жёны Помпею, дочь Гнея. И вновь Помпей отказался от такого предложения.

В 51 году до н. э. в Риме широко обсуждался статус Цезаря после скорого окончания его проконсульских полномочий, которые истекали 1 марта 49 года до н. э. О намерении привлечь его к суду публично заявляли противники Цезаря. Они хотели оспорить недавний закон о его праве баллотироваться в консулы, отсутствуя в Риме. В 50 году до н. э. консулами стали враги Цезаря. В начале 50 года до н. э. Гней ответил отказом на компромиссное предложение: Помпей и Цезарь должны одновременно распустить легионы и сдать проконсульские полномочия.

Помпей, который был старше, неожиданно потребовал, чтобы Цезарь сложил оружие первым. «Ибо гордыня и великая радость овладели Помпеем и вытеснили все разумные соображения об истинном положении дел. Помпей совершенно отбросил теперь свою обычную осторожность, которая прежде всегда обеспечивала безопасность и успех его предприятиям, стал чрезмерно дерзок и с пренебрежением говорил о могуществе Цезаря», – писал Плутарх.

У страха глаза велики! В Риме распространился слух, будто Цезарь уже идёт на Рим со всей армией. Вскоре и Помпей вызвал в Италию два легиона, временно служившие у Цезаря. Юлий Цезарь предпринимал попытки договориться с Помпеем напрямую, в декабре он просил оставить ему Цизальпийскую Галлию, Иллирик и два легиона. Он просил гарантировать себе консульство, но все просьбы оканчивались неудачей.

Цезарь остро нуждался в преданных помощниках и офицерах, Антоний постепенно превращается в его правую руку. Он успешно осуществлял поручения Цезаря. Юлий вновь посылает Антония в качестве трибуна для решения столь важного и щепетильного вопроса власти.

1 января 49 года до н.э. трибуны Марк Антоний и Квинт Кассий Лонгин доставили в Рим письмо Цезаря с предложением о мире на условии взаимных уступок. Противники Цезаря блокировали оглашение письма на заседании Сената, Антонию вместе с Кассием пришлось добиваться его прочтения.

В письме Цезарь угрожал началом войны, если Помпей не сложит полномочия. Эта угроза окончательно настроила Сенат против Цезаря, хотя там было ещё немало сторонников примирения. Закон требовал от Цезаря распустить войска, иначе он объявлялся врагом государства. Официального ответа не последовало. В последующие дни Антоний вёл переговоры о гарантиях неприкосновенности Цезаря до следующего консульства от его имени, но все его предложения неизменно отклонялись.

7 января 49 года до н. э. Сенат добился принятия чрезвычайного закона, который наделял Помпея самыми широкими полномочиями. Попытки трибунов наложить вето на чрезвычайный декрет не удались: им угрожали расправой. В первую ночь после принятия чрезвычайного закона Антоний и Кассий, переодевшись рабами, бежали из столицы после угроз со стороны Сената в лагерь Цезаря на северном берегу реки Рубикон.

Угроза священной неприкосновенности народных трибунов послужила для Цезаря предлогом для вторжения в Италию. Тем временем Цезарь выступил на сходке перед солдатами, которых он просил защитить священные права трибунов, попранные самим Сенатом, и восстановить его очернённую репутацию. Солдаты полностью поддержали полководца.