В 79 году до н. э. Помпей женился в третий раз. Его женой стала дочь консула, благодаря этому браку Помпей сблизился со многими влиятельными римскими политиками. В 62 году до н. э., едва вернувшись с востока, Помпей разводится с Муцией. Причиной развода была измена Муции. От Муции у Помпея было трое детей – сыновья Гней, Секст и одна дочь Помпея.

В 59 году до н. э. 47-летний Помпей женился в четвертый раз на 24-летней Юлии, дочери Цезаря. Многие считали этот брак счастливым, именно Юлия повлияла на решение Помпея покровительствовать искусствам.

Поскольку в первом веке до н. э. каждый год в Древнем Риме назывался по именам обоих консулов, то Новый 59 год до н. э. должен был стать «консульством Гая Юлия Цезаря и Марка Кальпурния Бибула». Но намекая на полную монополизацию власти Цезарем, римляне стали иронически называть 59 год до н. э. «консульством Юлия и Цезаря».

В 59 году до н. э. 42-летний Цезарь развил огромную активность в должности консула. Прежде всего, консул сумел провести обещанный аграрный закон, в марте Цезарь провёл новые законы в интересах своих коллег по триумвирату – об утверждении всех восточных указов Помпея и о снижении налогов в Азии.

В мае Цезарь получил в качестве провинций Цизальпийскую Галлию и Иллирик с тремя легионами войск. По предложению Помпея Сенат добавил ему Нарбонскую (Трансальпийскую) Галлию и ещё один легион. Все провинции передавались ему сроком на пять лет вместо обычного одного года.

К концу 59 года до н. э. популярность триумвиров сильно упала. Триумвират, на который возлагалась надежда по борьбе с узурпацией реальной власти узким кругом сенаторов, сам начал контролировать всю жизнь Рима. Поначалу союз трёх воспринимался как смелая оппозиция держащему в своих руках власть сенату-правительству, но постепенно союз сам начал превращаться в фактическое правительство, а сенат оказался чуть ли не в подполье. Это, естественно, вызвало отрицательную реакцию.

В 58 году до н. э. в Риме чрезвычайную активность развил трибун Публий Клодий Пульхр. Сначала он атаковал Цицерона, потом стал действовать против триумвиров. Гнею Помпею передали управление снабжением Рима хлебом сроком на пять лет, по закону каждый римский гражданин имел право на бесплатную норму хлеба.

В это время руководство снабжением Рима хлебом было важнейшим постом: по хлебному закону Клодия, каждый римский гражданин мог получить определённую норму хлеба совершенно бесплатно. Казна, на которой лежали обязательства по покупке зерна, испытывала острую нехватку денег. Помпей отправился закупать зерно в провинциях Сицилия, Сардиния и Африка. В конце концов, ему удалось нормализовать снабжение хлебом, хотя на это были потрачены огромные средства из казны.

Примерно в это же время Помпей поссорился с Крассом, который будто бы поддержал Клодия и его сторонников, которые нападали в народном собрании и Сенате на Помпея. Выборы консулов, которые обычно проводились летом, были задержаны и состоялись лишь в январе 55 года до н. э.

Солдаты, возглавляемые Публием Крассом, сыном триумвира, решили исход выборов в пользу двух полководцев – Помпея и Красса. Проконсульство Цезаря в Галлии было продлено на пять лет. Помпей остался в Италии, он получил в качестве провинций Ближнюю и Дальнюю Испанию, Красс – Сирию. Последний отправился в провинцию в конце 55 года до н. э., надеясь поскорее начать войну с Парфией. В мае следующего года Красс потерпел поражение в битве при Каррах и был убит.

Гибель одного из участников не привёла к сплочению оставшихся двоих полководцев – Помпея и Цезаря; напротив, их отношения начали ухудшаться, что вело к распаду триумвирата. В августе или сентябре 54 года до н. э. во время родов умерла Юлия, дочь Цезаря и четвертая жена Помпея.