Во главе войска стояли выборные: кошевой атаман с помощниками – войсковым судьею, писарем и есаулом. Кошевой пользовался неограниченною властью, во время войны, в мирное же время верховная власть принадлежала раде из всех членов общины без ограничения. Со времени своего возникновения запорожское казачество стало во главе почти всех казацких восстаний, которые с этих пор почти не прекращались. Уже в 1590 г. сейм, недовольный их самовольством, издал «порядок со стороны Низу и Украины», содержащий ряд суровых ограничений казацких вольностей. Стефан Баторий запретил выдавать казакам селитру и порох. На эти постановления казаки отвечали восстаниями. Восстания были тем успешнее, что находили для себя хорошую почву среди закрепощаемого поспольства, охотно примыкавшего к казакам, так что волнения принимали характер настоящих крестьянских войн. В конце XVI века вспыхнули одно за другим восстания, во главе которых стояли Косинский, Наливайка, Лобода, Метла Гедройц. Значительных успехов достигли казаки в начале XVII в., когда во главе их стал Конашевич-Сагайдачный. Пользуясь стесненным положением Польши, обратившейся к казакам за помощью для войны с Россией (смутный период), Сагайдачный добился ряда уступок, довел число казаков до 50.000 и первый получил титул гетмана. По его просьбе иерусалимский патриарх восстановил в Украине православную церковь в том виде, в котором она была до унии. Кроме того, Сагайдачный сделал попытку внутренней реформы казачества в демократическом духе, так как в это время уже начинал выделяться верхний слой – старшина. После Сагайдачного восстания не прекращались. Вследствие неудачи казаков, по условиям Куруковского договора, число реестровых казаков было сокращено до 6.000, хотя им был оставлен выборный гетман и свой суд.

Затем следовал ряд восстаний с переменным успехом – Тараса Трясила, запорожского гетмана Павлюга, Остряницы, Дмитрия Гуни. В 30-х и 40-х годах XVII ст. полякам, по-видимому, удалось сломить казаков. Казацкие старшие назначались польским правительством, поляки упрочились и на Запорожье в построенной французским инженером Бопланом крепости Кодак. Вместе с тем панская колонизация, влекшая за собой закрепощение народа, приняла необыкновенные размеры. Народ массами бежал в московские пределы и пробирался на Дон; таким образом на пространстве между Сеймом, Донцом и Доном (Курская, Воронежская и отчасти Харьковская губ.) малорусская вольная казачья колонизация из Польши слилась с великорусской вольной казачьей колонизацией из Московии.

В то время как польское правительство старалось вслед за казаками подвигаться на степь с северо-запада, Москва, как единоплеменная казачьему населению, с еще большим успехом смыкала вслед за донскими казаками и воздвигала свои оборонительные черты укреплений с севера. Систематическая колонизация степей русским правительством началась с XVI века. Московское правительство обыкновенно поселяло на южной границе государства полки, стоянки которых постепенно смыкались валами и засеками. За пределами этих укрепленных линий в степи разъезжали сторожа и станичники, обязанность которых была следить за движением татар и заблаговременно предупреждать население об опасности. Местами в степи устраивались засады, острожки, укрепления, особенно близ татарских дорог – шляхов (сакм), перевозов и перелазов (бродов). Муравский шлях, или Царева дорога, по которой ходил крымский хан, направлялся, как известно, от Крымского Перекопа к Туле водоразделом рек Днепровского и Донского бассейнов. Узкое место, окруженное болотами и лесами между Можью (приток Сев. Донца) и Коломаком (приток Ворсклы) в нашей области было весьма удобно для устройства засады, чем и пользовалось правительство, содержа здесь постоянную стражу. От Муравского шляха у верховье Орели отделялась к востоку Изюмская сакма. Далее она шла от Донца, через который была переправа ниже нынешнего Изюма, а затем водоразделом между Осколом и Донцом, переходя в соседнюю Центральную черноземную область. Наконец третья – Калмиусская сакма – направлялась по нашей области от Молочных Вод к притоку Донца Боровой, где был перевоз, а затем продолжалась в Центральную черноземную область на Дивны. Кроме этих трех главных дорог по нашей области частью или целиком пролегали второстепенные дороги, Бакаев, Ромодановский, Сагайдачный щляхи, направление которых одинаково – от Днепра в центральные местности России.