Средства Фонда имеют целевое назначение, т. е. используются исключительно на финансирование мероприятий, перечисленных в Положении о ФСС России. В связи с этим зачисление средств социального страхования на личные счета застрахованных невозможно. В частности, средства направляются на:

1) выплату пособий по временной нетрудоспособности, беременности и родам, женщинам, вставшим на учет в ранние сроки беременности, при рождении ребенка, при усыновлении ребенка, по уходу за ребенком до достижения им возраста 1,5 лет, а также социального пособия на погребение или возмещение стоимости гарантированного перечня ритуальных услуг, а также иные выплаты, установленные трудовым законодательством;

2) частичное содержание находящихся на балансе страхователей санаториев-профилакториев, имеющих лицензии на право занятия этим видом деятельности (постановление Правительства РФ от 22 ноября 1997 г. № 1471 «О некоторых мерах по упорядочению выплат за счет средств Фонда социального страхования Российской Федерации»);

3) частичную оплату путевок в детские загородные оздоровительные лагеря, находящиеся на территории РФ, для детей работающих граждан;

4) оплату проезда к месту лечения и обратно (Положение об оплате дополнительных расходов на медицинскую, социальную и профессиональную реабилитацию застрахованных лиц, получивших повреждение здоровья вследствие несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний, утвержденное постановлением Правительства РФ от 15 мая 2006 г. № 286);

5) создание резерва для обеспечения финансовой устойчивости ФСС России на всех уровнях. Порядок формирования резерва и предоставления из него средств (на возвратной основе или безвозмездно) определяется Инструкцией о порядке начисления, уплаты, расходования и учета средств государственного социального страхования, утвержденной Фондом совместно с Министерством труда и социального развития РФ, Министерством финансов РФ, Государственной налоговой службой РФ и с участием Центрального банка РФ;

6) обеспечение текущей деятельности, содержание аппарата управления Фонда;

7) финансирование деятельности подразделений органов исполнительной власти, обеспечивающих государственную защиту трудовых прав работников, охрану труда (включая подразделения надзора и контроля за охраной труда) в случаях, установленных законодательством;

8) проведение научно-исследовательской работы по вопросам социального страхования и охраны труда;

9) осуществление иных мероприятий в соответствии с задачами Фонда, включая разъяснительную работу среди населения, поощрение внештатных работников Фонда, активно участвующих в реализации мероприятий по социальному страхованию;

10) участие в финансировании программ международного сотрудничества по вопросам социального страхования (п. 8 Положения о ФСС России).

Финансирование вышеуказанных мероприятий по социальному страхованию на предприятиях, в организациях, учреждениях и иных хозяйствующих субъектах независимо от форм собственности осуществляется через бухгалтерии работодателей. В данном случае ответственность за правильность начисления и расходования средств государственного социального страхования несет администрация страхователя в лице руководителя и главного бухгалтера (п. 10 Положения о ФСС России).

На предприятиях, в организациях, учреждениях и иных хозяйствующих субъектах независимо от форм собственности для обеспечения контроля за правильным начислением и своевременной выплатой пособий по социальному страхованию, проведением оздоровительных мероприятий трудовыми коллективами образуются комиссии по социальному страхованию из представителей администрации и профсоюзов (трудового коллектива) или избираются уполномоченные по социальному страхованию.