Время армейской службы Людвикаса Резы пришлось на период Наполеоновских войн. Когда Наполеон только появился на арене истории, Реза был уже юношей и имел возможность внимательно следить за действиями и походами корсиканца. У него было время подумать о возможном военном конфликте между Францией и Пруссией.

Кроме прямых обязанностей проповедника в Кёнигсберг-ском гарнизоне, Реза кропотливо готовился к академической работе – продолжал изучать философию, историю, древнееврейский, халдейский, арабский языки. Именно в это время он начал активно собирать личную библиотеку. Например, выписал «Руководство по Прусской истории, описание земель и статистики», которое издавал историк Людвиг фон Бачко («Handbuch der Geschichte, Erdbeschreibung und Statistik Preusseus», 1802) и где была подробно описана история прусских, литовских и польских земель.

Начало научной, литуанистической деятельности да и собственного поэтического творчества Резы пришлось на время французской оккупации Пруссии, которая продолжалась с 1806 по 1813 год. Параллельно армейской службе Реза упорно готовил диссертацию, в начале 1807 года он представил её, а защитил 17 апреля в Кёнигсбергском университете. В диссертации молодой учёный, на основе положений философии Иммануила Канта, объяснял интерпретацию понятия морали в Святом Писании. Реза ещё успел застать Канта действующим профессором Кёнигсбергского университета, а к защите диссертации в 1807 году знаменитый философ уже три года как умер. Во время учёбы в университете Реза старательно посещал его лекции. За эту диссертацию на латинском языке ему была присвоена степень доктора философии и дано разрешение преподавать восточные языки и предметы церковной истории на правах нештатного доцента. Диссертация Резы написанная на латыни называлась: «De librorum sacrorum interpretatione morali, e Kantio commendata» («Толкование морали в Священном писании с позиций кантовского учения»). Руководителем диссертационной работы Резы был профессор Август Вильгельм Кебер. Рецензентами были Иоганн Теофил Буяк и Эдвард Леопольд Шульц.

Эта диссертация даёт представление о том, насколько сильным и широким было влияние работ и образа жизни Иммануила Канта на деятельность Резы. Эта диссертация – один из самых главных источников, освещающих философские взгляды Резы. Защита диссертации в университетах Прусского королевства XVIII века была нужна не только для подтверждения научной компетенции соискателя, но и для того, чтобы раскрыть и обосновать его мировоззренческую позицию. Такая мощная заявка на работу в университетском мире должна была ещё совпадать с текущей академической конъюнктурой университета. Этим проверялась и научная компетенция кандидата на профессорское место и то, усилит ли он идеологическую позицию, занятую теологами университета. Перед тем, как публично защитить диссертацию, кандидат должен был сдать сложнейший экзамен. Позже Реза в своей автобиографии напишет, что на подготовку к экзамену он выделял всё своё свободное время, которое оставалось от работы в должности капеллана: «Я семь лет прилежно изучал теологию и философию в надежде работать в нашей Академии преподавателем». Рассказывая о приложенных усилиях для получения места профессора теологии, он вспоминал заседание коллегии факультета, как «испытание и строгий экзамен». В университете Кёнигсберга на стыке XVIII и XIX веков сформировалась самобытная политическая академическая конъюнктура, на которую сильно повлияли реформы, проходившие в крае.

Это напрямую связано и с работой университета, особенно с изменениями в учебных планах по теологии и философии. В Пруссии и в университете Кёнигсберга существовали разногласия между пиетистами и лютеранами-консерваторами, а ещё и борьба этих религиозных лагерей с формирующимися идеями Просвещения, которая продолжалась несколько десятилетий. В первой половине XVIII века изменения в Кёнигсбергском университете были связаны с решением короля Пруссии Фридриха Вильгельма I, правившего до 1740 года, утвердить религиозность в стране, особенно в местах концентрации литовского населения. Король пытался в этом восточном крае, утонувшем в «варварстве», развивать нравственность. Для этого он счёл важным готовить священников-пиетистов, чтобы «превратить в христиан» жителей, которые, по мнению короля, якобы, ничего не ведают о Боге. Король инициировал активную реформу по подготовке священников с усиленным религиозным преподаванием. Отметим, что Донелайтис как раз учился в Кёнигсбергском университете в 1736—1740 годах, именно в то время, когда на факультете Теологии более активно и воинственно в течение столетия действовали пиетисты. Возможно, что за появление поэмы «Времена года», мы напрямую должны быть благодарны пиетистской реформе просвещения короля. Кёнигсбергский университет, готовивший священников и будущих учителей, оказался в третьем десятилетии XVIII века на острие реформ. До того времени в Кёнигсберге преобладали ортодоксальные представители лютеранства. Король в них не увидел дельных «оживителей» края и «укрепителей» религии, поэтому в университет направил активных пиетистов из университета Галле, в котором у них были крепкие позиции. Пиетисты акцентировали чтение Писания и толкование Слова, как намного более важное, чем обряды. Пиетизм сформировался как движение, своеобразным образом понимающее практику лютеранской веры – как индивидуальную набожность. Из-за разного отношения к практическим методам вероисповедания, различалось и законоположение пиетистов и консерваторов по поводу важности теологических дисциплин, но это была борьба больше между этими течениями, а не по вопросам теологии. Более того, возвышение пиетистов в университете поддерживалось политической властью, её желанием утвердиться, так как пиетисты были её опорой – они действовали как мост между властью (монархом) и всеми членами общества, как равными подданными короля. Хотя консерваторы и проиграли пиетистам, но они всё-таки сохранили довольно сильные позиции в университете.