В университете Людвикас Реза выбрал изучение теологии. Поступить на этот факультет ему мог посоветовать пастор Витих. Но и тяжёлые бытовые условия и крайняя бедность тоже подталкивали юношу к такому выбору. Так что, выбор Резы был неслучаен и характерен для бедных студентов того времени. Вспомним, что и учившийся на полвека раньше Кристионас Донелайтис выбрал теологический факультет, да и для Иммануила Канта первоначально была уготована такая же участь. Здание университета в те времена располагалось на острове Кнайпхоф. Оно стояло углом вдоль русла Новой Преголи, образуя общий двор с Кафедральным собором, который служил приходским университетским храмом. Главным проповедником Собора, как правило, был декан теологического факультета университета.

Годы учёбы Резы в университете совпали со временем, когда прусская монархия не участвовала в войнах. Скорее всего, до студентов-теологов не доходила немецкая якобинская периодика, однако в академической жизни, как среди студентов, так и профессоров, росли антифеодальные настроения. Так в 1795 году, когда Реза поступил в университет, была создана комиссия для слежки за тайными обществами студентов. А юноша, родившись в небогатом сословии и постоянно нуждавшийся, не мог остаться равнодушным к антифеодальным настроениям.

В университете Реза учился с упоением. Основным методом обучения в конце XVIII века оставались лекции, которые профессора читали в здании университета на острове Кнайпхоф или у себя дома. Это касалось и учебных семинаров по конкретным предметам. Дискурсы, для которых были жёстко определены порядок и обязательные участники, проходили в здании университета, который всё ещё оставался строго лютеранским.

В конце предпоследнего года учёбы Реза уже получал бесплатное содержание в студенческом общежитии, называемом Кипкеанимум потому, что его организовал профессор Кёнигсбергского университета Георг Кипке. Резу также поддерживал университет, оказывая гуманитарную помощь. Когда же ему удавалось получить ещё частные уроки, он мог с горем пополам обеспечить свою жизнь. Такой, более лёгкий, каникулярный период был у него перед последним курсом, летом 1798 года.

Наряду с теологической наукой, в университете Реза изучал античные языки, литературу, риторику, слушал лекции по истории, но больше всего любил философию и восточные языки. Сильное воздействие на становление личности Резы имели профессора его любимых предметов: философ Иммануил Кант (1724—1804), ориенталист Иоганн Хассе (17591806), историк и риторик Карл Мангельсдорф (1748—1802) и Кристиан Якоб Краус (1753—1807), читавший курс по экономическим и административным вопросам. В университете Резу от других предметов отвлекали очень полюбившиеся ему ориенталистские занятия под руководством профессора Хассе, хотя он также прилежно посещал последние лекции Канта и очень интересный курс Крауса. Позже этим трём профессорам Реза выразил своё большое почтение, сочинив для них эпитафии. Также существенное влияние на развитие Резы оказали профессора факультета: Карл Мангельсдорф – профессор риторики и истории, а позже и поэзии; Сэмюэль Готлиб Вальд – профессор богословия, а позже ещё и ближневосточных языков и декан теологического факультета; Готхильф Кристиан Реккард – профессор теологии с огромной эрудицией в догматическом богословии; Иоганн Эрнст Шульц – профессор теологии, специалист по вопросам морали в богословии; Иоганн Кристоф Греф – профессор церковной истории и церковного права; Карл Людвиг Першке – профессор поэзии, педагогики, истории и практической философии. Все они были учениками Иммануила Канта, людьми широкого кругозора, служившими для Резы не только учителями и проводниками в его студенческие годы, но и образцами для построения жизненных планов.