Известно, что Боснийкую церковь (иногда она называется в документах Славонской церковью) возглавлял «дед», то есть епископ. Богомильское «Баталово Евангелие» от 1392 года содержит имена, которые советский исследователь-славист А. В. Соловьев трактовал как список «дедов» Боснийской церкви. Ниже «деда» иерархически располагались «гости». Основу церкви составляли «крестьяне» – манихейские монахи, образующие общины и придерживающиеся аскетического образа жизни. Совет деда формировался из двенадцати «стройников», а духовенство проживало в «хижах», монастырях, возглавляемых «гостем». Мирянами церкви были представители боснийского дворянства, высших и средних городских и сельских слоев, что отмечает в общем мирный характер перехода правящих сословий Боснии в ислам при турецком владычестве, поскольку последние сохраняли свои привилегии. В исторической науке нынешнего государства Босния и Герцеговина господствует так называемая «Богомильская концепция», согласно которой утверждается, что богомильство, в корне отличающееся от сербского православия и хорватского католицизма, подготовило почву для добровольного принятия ислама государствообразующим населением Боснийского герцогства: дворянством, чиновничеством, купечеством, городским высшим и средним классом и зажиточным свободным крестьянством. Ныне богомильство повсеместно изучается в Республике Босния и Герцеговина и является одним из столпов идентичности славяно-мусульманской народности страны. В свою очередь богомильство сильно отразилось и на бытовых обычаях боснийского ислама: мужчины-бошняки беспрепятственно употребляют вино и крепкие спиртные напитки, а женщины не носят хиджаб. Некоторые ученые связывают в целом добровольное принятие ислама в Боснии с присутствием среди ее населения сильного готского этнического субстрата, ведь готы исповедовали арианство. В этом отношении Босния родственна с Югом Франции, где в раннем Средневековье существовали княжества вестготов и визиготов, поначалу исповедовавших арианство, а затем население, во многом состоявшее из потомков готов, благосклонно восприняло катарскую манихейскую ересь, пришедшую с Балкан. Кстати, и родовое наименование боснийской княжеской династии Котроманичей, согласно одной из версий, происходит от сочетания слов Got и Roman, откуда Готроман или Котороман.

Особо стоит подчеркнуть, что от боснийских богомилов осталось большое количество рельефных надгробий (стечек, босн. stećci), датируемых в промежутке от XII до XVI столетий и разбросанных в подавляющем большинстве по территории Боснии, а также Хорватии, Черногории и Сербии, причем в последней они тяготеют к мусульманскому анклаву Санджак, а во втором случае расположены на границе с Боснией. На стечках практически отсутствует форма креста (да и понятно, ведь катарская и богомильская ереси отличались «крестоборчеством»), зато часто изображаются манихейские клирики или миряне в ритуальных позах или с символическим сложением рук. Замечательный боснийский поэт Мехмедалия Мак Диздар (1917–1971), вдохновляемый традиционным исламским мистицизмом, посвятил стечкам своих предков богомилов, пожалуй, лучшую книгу в своем творчестве «Каменный сон» (1966 год). Для Диздара стечки предстают в метафорическом смысле мостом от могилы к звездам. Наверное, недалек тот день, когда откроются документы о пребывании трубадуров или катарских «совершенных» из Прованса и Лангедока при дворах ранних боснийских банов, которые еще более свяжут между собой две страны готского арианского наследия – Боснию и Юг Франции.