Генкеля раздражали знания ученика («желает разыгрывать из себя господина»), которого заставляли негодовать ученические штудии, тогда как у Христиана Вольфа, по его мнению, они это проходили с более квалифицированными объяснениями. Генкеля более всего выводили из себя самостоятельность, гордость, незаурядные знания и здравые рассуждения русского студента. По словам Ломоносова, «в то же время он презирал всю разумную философию, и когда я однажды, по его приказанию, начал излагать химические явления, то он тотчас же, ибо это было сделано не по его перипатетическому концепту, а на основе принципов механики и гидростатики, велел мне замолчать, и с обычным своим умничаньем поднял мои объяснения на смех, как пустую причуду». Михаилу было 28 лет; он был сложившимся мужчиной и в физическом, и в умственном отношении.

Научные основы химии тогда еще только формировались. Не было даже четкого разделения наук. Физику называли экспериментальной философией, химию причисляли к алхимии, медицине или говорили о единой «физико-химии»; вместо геологии было горное дело. А знаменитый английский философ Гоббс утверждал, что лабораторные опыты лишь затрудняют познание реальных природных процессов. (В таком суждении есть доля правды.)

У Генкеля и Ломоносова были разные представления о сути химических реакций. Преподавателя возмущало, что у его ученика было свое мнение на этот счет. В отличие от Генкеля, Ломоносов был сторонником идей ирландского ученого Роберта Бойля (1627–1691), который оборудовал в Оксфорде лабораторию, где проводил химические и физические опыты. Ассистентом у него был Роберт Гук. Благодаря ему Бойль прославился как автор закона Бойля – Мариотта: объем газа при постоянной температуре обратно пропорционален его давлению (произведение данной массы идеального газа на его давление постоянно при постоянной температуре).

Роберт Бойль стал основоположником экспериментальной химии, отделив ее от медицины и алхимии. «Химики, – писал он, – до сих пор руководствовались чересчур узкими принципами, не требующими особенно широкого умственного кругозора; они усматривали свою задачу в приготовлении лекарств, в извлечении и превращении металлов. Я смотрю на химию с совершенно другой точки зрения; я смотрю на нее не как врач, не как алхимик, а как должен смотреть на нее философ. Я начертал здесь план химической философии, который надеюсь выполнить и усовершенствовать своими опытами и наблюдениями. Если бы люди принимали успехи истинной науки ближе к сердцу, нежели свои личные интересы, тогда можно было бы доказать им, что они оказывали бы миру величайшие услуги, если бы посвятили все свои силы производству опытов, собиранию наблюдений и не устанавливали бы никаких теорий, не проверивши предварительно их справедливости путем опытным».

Бойлю пришлось выдержать письменную дискуссию со Спинозой, признававшим истинным только логическое доказательство, а опыт – лишь подтверждением теории. Тем не менее в книге «Химик-скептик, или Сомнения и парадоксы химико-физики…» Бойль выступил как теоретик. Он высказал гипотезу строения вещества: свойства материальных тел определяются количеством, расположением и движением первичных частиц, число которых значительно больше, чем четыре элемента Аристотеля и пять стихий алхимиков.

Бойль изучал явление горения, дыхания, обжига металлов. Он обнаружил, что в этих трех процессах принимает активное участие какая-то составная часть воздуха (хотя он и не открыл кислород), а также доказал увеличение веса металла при обжиге.

Развивая идеи Бойля, Ломоносов сделал выдающиеся открытия. О Генкеле ничего подобного сказать, увы, нельзя. Выходит, в 1739 году взгляды студента Ломоносова были плодотворней, чем «мужа знаменитейшего и ученейшего, горного советника Генкеля». Так Михаил обратился к нему в своем покаянном (отчасти) письме сразу же после конфликта. И продолжил: «Ваши лета, ваше имя и заслуги побуждают меня изъяснить, что произнесенное мною в огорчении, возбужденном бранью и угрозою отдать меня в солдаты, было свидетельством не злобного умысла, а уязвленной невинности. Ведь даже знаменитый Вольф, выше простых смертных поставленный, не почитал меня столь бесполезным человеком, который только на растирание ядов был бы пригоден».