Евгений Кунин Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции читать онлайн страница 38
и губки связаны ортологичными отношениями с генами млекопитающих и птиц (Putnam et al., 2007; Srivastava et al., 2008; Srivastava et al., 2010). Один из выводов состоит в том, что характерная продолжительность жизни животного гена в этих линиях охватывает по меньшей мере сотни миллионов лет. Многие другие группы животных, такие как насекомые, утеряли многочисленные гены (Koonin et al., 2004), так что судьба одного и того же гена в большинстве случаев отличается в разных линиях, в результате чего мы получаем «пятнистую» филетическую модель. (Как подчеркивается далее в этой главе, множество поистине универсальных генов чрезвычайно мало.) Судьбы конкретных генов в разных линиях зависят как от случайных факторов, так и от различий в давлении отбора (см. гл. 9). Результаты обширного сравнительного анализа геномов растений, грибов и прокариот полностью совместимы с этим выводом. Когда гены в геноме классифицируются по их относительному «возрасту» (то есть филогенетической глубине, на которой обнаруживаются гомологи), наблюдаемое расхождение подобно для удаленных друг от друга организмов, как показано на рис. 3–3 для генетических наборов человека и грибка Aspergillus fumigatus (Wolf et al., 2009), двух организмов, разделенных, по-видимому, миллиардами лет эволюции. Тем не менее распределения генных возрастов поразительно похожи: в каждом случае древних генов, для которых легко обнаруживаются гомологи в далеких таксонах, значительно больше, чем «молодых» генов. Несмотря на частую потерю в отдельных эволюционных линиях, гены характеризуются чрезвычайной долговечностью, и многие из них, возможно, бессмертны[34].

Как обсуждается далее в этой книге (гл. 5 и 7), пути передачи генетической информации у прокариот принципиально отличаются от таковых у эукариот. Тем не менее доли консервативных генов у них примерно равны. В настоящее время эта доля хорошо известна и очень близка у разнообразных бактерий и архей, почти как фундаментальная постоянная: для 70–80 процентов генов ортологи обнаруживаются в далеких организмах (Koonin and Wolf, 2008b; см. рис. 3–4).

Минимальные наборы генов, замещение неортологичных генов (ЗНОГ) и ускользающее незаменимое ядро жизни

Секвенирование геномов симбиотических и паразитических бактерий привело к соблазнительной идее, что их генетический репертуар может быть близок к «наименьшему возможному набору генов», то есть такому, который является необходимым и достаточным для поддержания простой (прокариотической) клетки при самых благоприятных условиях, какие только могут существовать вне других клеток (Fraser et al., 1995; Mushegian and Koonin, 1996b). Последнее условие чрезвычайно важно, поскольку «наименьшим возможным» набор генов будет лишь в отношении к окружающей среде, в которой соответствующий организм существует (или мог бы существовать, в случае «концептуальных» геномов, полученных компьютерными методами). Однако, как только появились первые два полных бактериальных генома, вторым из которых был геном Mycoplasma genitalium[35], лишенной клеточной стенки паразитической бактерии с размером генома всего около 570 генов, возникла очевидная идея, что «истинный» наименьший набор можно естественным образом вывести, сравнивая геномы этих двух существенно различно специализированных бактериальных патогенов (Mushegian and Koonin, 1996b). Точнее, можно было бы ожидать, что ортологичные гены в двух организмах будет представлять собой набор основных биологических функций, которые необходимы для выживания клетки, независимо от уникального образа жизни каждого организма.