Лёвинджер считает методологически неверным не только привязку стадий развития эго к возрастной шкале, но и их привязку к каким-то специфическим вехам социализации, критическим точкам, таким как поступление в школу, половое созревание, брак и т. д. Лёвинджер также старается избежать нумерации стадий, хотя иногда их пытаются пронумеровать. Такая практика ведет, по словам Лёвинджер, в терминологический тупик, потому что развитие исследований ведет к изменению числа выделяемых стадий: исследования начинались с 4-уровневой шкалы, которая постепенно разрослась до 10-уровневой, причем дальнейшее развитие этой модели, по мнению Лёвинджер, никак нельзя исключить.

Само выделение стадий сталкивается со следующими методологическими трудностями.

1. Отсутствие взаимнооднозначного соответствия между конкретными формами поведения и лежащими в их основе чертами или диспозициями. Любое поведение может осуществляться по разным основаниям. Нет наблюдаемых однозначных признаков какого-то уровня, а только вероятностные.

2. Невозможно поставить испытуемым конкретные задачи, из решения которых можно извлечь то, что мы хотим знать про уровни развития эго. Проективные тесты не могут обеспечить надежных, однозначных признаков, но структурированный тест отражает позиции того, кто его конструировал, то есть отражает в большей степени его уровень эго. А нас должно интересовать сознание самого субъекта, который заполняет тест, а не создателя теста. Поэтому следует больше использовать тесты проективного характера.

3. Разные формы и виды развития протекают одновременно, параллельно. И поэтому развитие эго не может не коррелировать с интеллектуальным и психосексуальным развитием на протяжении детства и подросткового возраста. Никакой способ обработки не позволит некоторую аггломерацию данных разделить точно по их компонентам и по их источникам. Поэтому теория должна быть первична, должна направлять исследование. Методы без теории бессмысленны.

4. Нет свободного от ошибок метода отделения эго от других переменных, которые могут с этим уровнем коррелировать, от IQ и до использования в ответах непечатной лексики, что значимо чаще встречается у испытуемых низких уровней эго. Но здесь фактор развития эго смешивается с фактором социально-экономического уровня. Разделение этих факторов в общем виде является нерешаемой задачей, и было бы ошибкой диагностировать на этом основании низкий уровень эго.

5. Любое поведение не привязано к какому-то одному уровню, а охватывает несколько уровней.

6. Любой признак развивается и проявляется не на одном, а на разных уровнях. На одном уровне он проявляется в зачаточном и недифференцированном виде, а на другом уже в четком детализированном виде.

7. Может быть информативным только наличие поведенческого признака, но не его отсутствие, или только отсутствие, но не наличие. Так, в возрасте старше 4–5 лет уверенные навыки ходьбы мало что говорят об уровне развития, зато их недоразвитие весьма показательно.

8. Возможны разные стратегии умозаключения от фиксации некоторого поведенческого признака к уровню развития эго: либо через оценку вероятности отнесения испытуемого к данному уровню, либо через критериальный вывод об уровне развития, который необходимо должен наличествовать, чтобы данный ответ был возможен. Использование двух этих стратегий приводит к разным выводам.

9. Существует радикальное различие клинического мышления и психометрического мышления; в частности, клиницистам, составляющим весьма существенную часть психологов, работающих с детьми, чуждо вероятностное мышление, они больше склонны к опоре на непосредственное впечатление и преувеличивают взаимосвязанность разных признаков.