Известно, что Годунов намеревался выписать из-за границы ученых, чтобы учредить в Москве школу с преподаванием иностранных языков. В частности, в 1600 году в Священную Римскую империю направили И. Крамера, в задачу которого входило «выписать из Германии, Англии, Испании, Франции, Италии и т. д. ученых, чтобы учредить преподавание разных языков». Но тогдашние представители Церкви воспротивились этому, говоря, что «если же иные языки, кроме родного, появятся среди русских, то в стране возникнут распри и раздоры, и внутренний мир не будет соблюдаться так, как сейчас».

В условиях разгоравшейся польско-шведской войны взор московского правителя обратился к Эстляндии, где в тот период активно работала русская разведка. Например, «в 1599 и 1600 годах ивангородские воеводы отправляли в Нарву и Ревель купца Тимофея Выходца и некоего Иванова, чтобы агитировать в пользу русского правительства». В марте 1600 года в Москву приезжал нарвский «палатник» Арман Скров вместе с двумя «немчинами» Анцом Крамером и Захаром Вилкелманом. Скров вел тайные переговоры с главой Посольского приказа В. Я. Щелкаловым о сдаче Ругодива (Нарвы) «под руку» Годунова. С аналогичной миссией примерно в то же время в Москву приехал из Колывани (Ревеля) «палатник» Херт Фриз, имевший «три грамоты о государевых делах».

Основными органами разведки (еще не разделявшейся на политическую, военную и экономическую) и контрразведки в царствование Михаила Романова являлись Посольский, Разрядный и Иноземский приказы.

Определенным недостатком русской разведки и контрразведки в XVII веке являлось отсутствие единого руководящего разведывательного центра в стране, который мог бы координировать действия многочисленных секретных государевых служб. Но, с другой стороны, государь имел возможность получать информацию от нескольких независимых параллельных структур.

Агентурная разведка велась по трем направлениям: север и северо-запад (Швеция и Прибалтика); запад (Речь Посполитая); юг (Крым, Турция и Балканы).

Сфера интересов русской разведки в основном ограничивалась территорией сопредельных стран, а разведка в отдаленных странах носила периодический характер.

Посольский приказ осуществлял стратегическую разведку под дипломатическим прикрытием. Разрядный приказ (именовался также Разрядом) через воевод координировал разведывательную работу в порубежных районах России. В Разрядном приказе руководство разведкой и контрразведкой велось главным образом через Московский стол, а к середине XVII века – через Приказный, Белгородский и Севский столы. Ответственными лицами на местах являлись воеводы приграничных городов, посылавшие в Разрядный приказ информационные сообщения (вестовые отписки).

Патриарх Филарет лично занимался делами Посольского приказа, в том числе стратегической разведкой. В 1633 году он составил «для своих государевых и посольских тайных дел» особый шифр («затейное письмо»), который должны были использовать доверенные лица государя. Из наказа русскому представителю в Швеции Д. А. Францбекову видно, что при составлении донесений царю полагалось использовать тайнопись:

«Да что он, Дмитрий, будучи в Свее, по сему тайному наказу о тех или иных о наших тайных делах и наших тайных вестях проведает, и ему о всем писати ко государю царю и великому князе Михаилу Федоровичу всея Руси к Москве по сему государеву тайному наказу закрытым письмом».

В 1621 году Онисим Михайлов составил первый в России «Устав ратных, пушечных и других дел, касающихся до воинской науки». В статье 29 «О вестовщиках и лазутчиках» описывалась организация агентурной разведки: