Несмотря на ряд нареканий в его адрес, карьерный взлет В. С. Абакумова начался в декабре 1938 г., когда новым наркомом внутренних дел СССР Л. П. Берией он был назначен исполняющим обязанности начальника Управления НКВД по Ростовской области (в должности начальника утвержден 27 апреля следующего года).

25 февраля 1941 г. последовала очередная ступень в карьере Абакумова – он назначается заместителем наркома внутренних дел СССР Л. П. Берии.

После 22 июня В. С. Абакумов выполняет отдельные поручения наркома – от курирования УНКВД по г. Москве и Московской области до курирования эвакуации из Москвы архивов Совета народных комиссаров (СНК) и ЦК ВКП (б), он был также включен в Совет по эвакуации.

В условиях стремительного наступления немецких войск, обусловленного, в частности, и эффективной разведывательной деятельностью германской военной разведки, противодействие ей советской военной контрразведки приобретало первостепенное значение.

Всего же на советско-германском фронте действовало свыше 14 тысяч сотрудников фашистских спецслужб.

Первейшей задачей Абакумова, как и всего личного состава органов безопасности, в условиях войны являлось быстрое и точно выполнение директив и указаний «Инстанции», то есть персонифицированной воли Председателя ГКО, Председателя СНК и наркома обороны СССР И. В. Сталина.

Следует отметить, что первоначально деятельность абвера по заброске разведывательной и диверсионной агентуры направлялась на передовые позиции советских войск и ближние их тылы. По мере краха стратегии «блицкрига», ставшего очевидным с началом затяжных позиционных боев на московском направлении в октябре 1941 г., центр тяжести разведывательно-подрывной деятельности германской разведки начал переноситься на тыловые районы СССР.

Несмотря на крайне тяжелое положение на фронтах, военные контрразведчики уже к осени 1941 г. накопили немало ценной информации о системе и тактике действий германской разведки во фронтовой зоне и тылах советских войск, что позволило более целенаправленно и организованно осуществлять оперативный розыск и задержание вражеской агентуры.

Так, уже к концу 1941 г. органами НКВД, включая и особые отделы, было арестовано около 5 тысяч германских агентов, более половины из которых были обезврежены непосредственно в зоне боевых действий РККА.

Нельзя не подчеркнуть и того факта, что ожесточенность борьбы с агрессором привела к изменениям уголовного законодательства с учетом условий военного времени. Специальное постановление ГКО от 11 августа 1941 г. устанавливало порядок ареста военнослужащих (рядового и младшего начальствующего состава по согласованию с военными прокурорами дивизий, среднего начсостава – по согласованию с командованием дивизии и дивизионным прокурором, старшего начсостава – по согласованию с военным советом армии или военного округа). Также в ноябре постановление ГКО расширило полномочия Особого совещания НКВД, вплоть до высшей меры наказания (расстрела), по делам о контрреволюционных и особо опасных преступлениях против порядка управления.

Налаженный обмен информацией между контрразведкой НКВД, включая и территориальные органы наркомата, и Управлением особых отделов не только способствовал обогащению военных контрразведчиков знаниями и опытом борьбы с противником, но и позволил перейти к началу проведения совместных контрразведывательных операций, направленных на срыв замыслов противника.

Л. П. Берия был удовлетворен руководством особыми отделами В. С. Абакумовым, и отражение результатов их работы составляло немалую часть докладов И. В. Сталину и спецсообщений НКВД СССР в ГКО. В 1942–1944 гг., с учетом специфики деятельности германских спецслужб, совершенствовались формы и методы противодействия им военных контрразведчиков, что позволило действовать более гибко, овладевать инициативой, что в целом вело к росту оперативного мастерства.