Вполне понятно, что при таком высшем руководстве Академия нормально развиваться не могла. Правда, немалые усилия для спасения ее научных и учебных традиций предпринимал начальник Генерального штаба генерал Н. Н. Обручев, который по мере возможности стремился продолжить реформы, начатые Д. А. Милютиным и М. И. Драгомировым. Но ему это не всегда удавалось, так как со второй половины 80-х годов все преобразовательные идеи М. И. Драгомирова воспринимались в верхах с большим недоверием и, как правило, блокировались.

Начальник академии генерал-лейтенант Г. А. Леер, несмотря на то что долгое время трудился в этом военно-учебном заведении на преподавательских должностях, не имел практического командного или штабного опыта в войсках. Зато он исключительно хорошо ориентировался в настроениях императорского двора и официально поддерживаемых военно-научных кругов, имел обширные знакомства среди столичного генералитета. Это позволяло ему вести в академии внутреннюю политику, угодную правительству. Он пересмотрел свое отношение к обучению слушателей в угоду академизму. Больше внимания стали уделять математике и астрономии в ущерб стратегии и тактике. Бытовали протекционизм и интриганство.

О данном периоде жизни Николаевской академии Генерального штаба ее воспитанник (в последующем генерал-майор) А. А. Самойло, который учился в этом военно-учебном заведении в период с 1895 по 1898 год, в своих воспоминаниях писал: «Академия находилась как бы под боком у гвардии, великих князей, военной и всякой иной аристократии. Обширная сеть из протекций, родственных связей, дружеских отношений, знакомств, интриг и прямой подлости была связана с поступлением в академию и обучением в ней. Здесь расцветали и разносились по всей армии чувства, не имевшие ничего общего с крепкой товарищеской спайкой, доверием и уважением к Генеральному штабу как «мозгу» армии».

Другой слушатель академии того периода, А. И. Деникин, в своей книге «Путь русского офицера» писал: «Академия в мое время, то есть в конце девяностых годов, переживала кризис… Мы изучали военную историю с древнейших времен, но у нас не было курса по последней русско-турецкой войне 1877–1878 годов… Трижды менялись взгляды на Академию – то как на специальную школу комплектования Генерального штаба, то, одновременно, и как на военный университет… Из «военного университета», однако, ничего не вышло».

Командование академии грубо вмешивалось в личную жизнь слушателей. Так, например, разрешение на вступление в брак слушателю давал начальник Академии под тем предлогом, что он несет личную ответственность за то, чтобы невеста была «пристойной». Это нередко приводило к душевным драмам, под влиянием которых даже происходили самоубийства офицеров.

В целом же период командования академией Г. А. Леером оценивается современниками, как время застоя. Высшие военачальники – в основном участники русско-турецкой войны, пропагандировали только ее парадные стороны, умалчивая о недостатках, избегая анализа неудачных боев.

Приход к власти в 1894 году Николая II мало изменил обстановку. Новый император чтил своего покойного отца и его соратников. Высший генералитет служил пожизненно, всячески препятствуя продвижению всего нового. Академия должна была подстраиваться под эти условия.

Жизнь слушателей академии была сложной также и по причине безденежья (81 рубль в месяц), которое они постоянно ощущали, живя в Петербурге.

Слушатели академии считались кандидатами в представители высшей военной элиты Российской империи. На этом основании они имели возможность неоднократно видеть императора Николая II и его семью в самой различной обстановке.