А отец Иоанн не воевал. Из-за плохого зрения он не был призван в армию, но, так же как и его друзья-сомолитвенники, побывал в заключении. Все они порой предавались воспоминаниям о перенесенных в тюрьме тяготах. Отец Виктор, вспоминая о своих мытарствах, рассказывал, как следователь, добиваясь его признания о сотрудничестве с иностранными спецслужбами, бил его кочергой по затылку и таскал за длинные волосы из угла в угол… Хотя от него так и не добились признания в шпионаже, его все же осудили на пять лет лагерей как «социально опасного элемента» и этапом отправили в Воркуту, на реку Печору.

Отец Иоанн (Крестьянкин) тоже не раз вспоминал о перенесенных им допросах, во время которых следователь переломал ему все пальцы. А звали следователя так же, как и отца Иоанна, – Иван Михайлович. На допросы он, как правило, вызывал по ночам. Накануне кормили только селедкой, пить не давали. И вот ночью Иван Михайлович наливает себе воду из графина в стакан, а несчастный священник, проведший без сна несколько суток и ослепляемый светом лампы в комнате следователя, томится страшной жаждой и выслушивает вопросы следователя. «Расскажи нам все – и ты будешь освобожден от мучений» – таков был смысл проводимых допросов. Но рассказывать было нечего. И отец Иоанн не признавал себя виновным ни в чем.

Следствие по его делу длилось полгода. Полгода пыток и допросов. А впереди обозначилась новая ступень испытаний – лагерь строгого режима. Там, находясь в сложнейших условиях, батюшка не потерял теплоту любви, простоту и доброжелательность, которые он проявлял ко всем заключенным. За эти качества характера батюшки даже воры в законе и тюремная шпана относились к нему сочувственно и называли его с уважительно «батя».

Один из солагерников, Владимир Кабо вспоминал, каким был в те годы отец Иоанн: «Я помню, как он шел своей легкой стремительной походкой – не шел, а летел – по деревянным мосткам в наш барак в своей аккуратной черной куртке, застегнутой на все пуговицы. У него были длинные черные волосы – заключенных стригли наголо, но администрация разрешила ему их оставить, – была борода, и в волосах кое-где блестела начинающаяся седина. Его бледное тонкое лицо было устремлено куда-то вперед и вверх. Особенно поразили меня его сверкающие глаза – глаза пророка. Но, когда он говорил с вами, его глаза, все его лицо излучали любовь и доброту. И в том, что он говорил, были внимание и участие к собеседнику. Иногда в его беседах могло прозвучать и отеческое наставление, скрашенное мягким юмором. Он любил шутку, и в его манерах было что-то от старого русского интеллигента».

Рассказывая о годах заключения, отец Иоанн вспоминал о том, как горячо он тогда молился. По его словам, молитве лучше всего учит суровая жизнь. Истинная молитва была у него именно в заключении, потому что там каждый день он находился на краю гибели. «Повторить во дни благоденствия такую молитву невозможно. Хотя опыт молитвы и живой веры, приобретенный там, сохраняется на всю жизнь. А как часто душа без слов молилась Богу!» – говорил отец Иоанн.

Вот в таких разговорах о тюремном прошлом игумен Дорофей и отец Иоанн (Крестьянкин) помирились и вновь сблизились. Однако теперь над их головами сгустилась туча. Уполномоченный, узнав о ремонте Троицкого храма, проведенном настоятелем, и об оживлении приходской жизни, очень разозлился. Он вывел отца Дорофея из штата епархии с «волчьим билетом», отобрав у него регистрацию. А это означало запрещение его в служении. А вот отцу Иоанну наказание последовало довольно мягкое. Он был переведен на новый приход, в село Летово.