Интересные сведения о политической истории кыргызов относятся к XV–XVI векам, когда они проявили себя на арене исторических событий Среднего Востока как реальная политическая сила в составе Моголистана – государства, образовавшегося в результате распада империи чингизидов. Кыргызы Алтая и Джунгарии вместе с монгольскими и древнетюркскими племенами под влиянием общих экономических, политических и культурных факторов сплотились в одну народность, ядром которой стали кыргызы[25].

Важным этапом формирования новой народности стало объединение всех племен в два «крыла». Оба объединения включали как кыргызские, так и монгольские племена на равноправной основе. Все племена, вошедшие в систему двух «крыльев», а также одно из Ферганских племен стали именоваться общим этнонимом «кыргыз». Этот важный исторический акт приходится на конец XV – начало XVI вв. С этого времени, считают современные историки, можно говорить об образовании современной кыргызской народности на Тянь-Шане как единой исторической общности, поднявшейся над родом и племенем[26].

Новая этническая общность в условиях кочевой жизни приобрела форму союза племен. Основные государственные функции (управленческая, фискальная, судебная и др.) развивались внутри отдельных родов и племен.

Несмотря на феодальную раздробленность и межплеменные распри постепенно происходит консолидация кыргызской народности. Положительную роль в этом процессе сыграло принятие тянь-шанскими кыргызами ислама, что позволило им приобщиться к высокой культуре народов Средней Азии, приобрести взамен утраченной новую письменность на основе арабской графики. Важным объединяющим фактором стал общекыргызский эпос «Манас», который окончательно сформировался на Тянь-Шане тысячу лет назад. Идеи объединения кыргызов перед лицом внешней опасности, занимающие основное место в эпосе, стали близкими и понятными всем племенам, что сыграло прогрессивную роль в консолидации кыргызов.

В XVI веке внутриполитические причины (сепаратизм) и внешние обстоятельства (сильные соседние государства, стремившиеся привлечь кыргызов на свою сторону, но не заинтересованные в их усилении и образовании ими собственного государства) не благоприятствовали созданию кыргызской государственности, хотя такие попытки неоднократно предпринимались.

В начале XVI века во главе кыргызских родоплеменных объединений Тянь-Шаня становится Мухаммед-кыргыз, всю свою жизнь посвятивший борьбе за независимость своего народа. Он ориентировался на союз с окрепшим Казахским ханством, совершил ряд удачных походов на Ташкент, Андижан, Сайрам и в Туркестан[27].

В середине XVII века в пределы Кыргызстана вторглись войска ойротских (джунгарских) ханов, разорительные набеги которых продолжались до середины XVIII века.

Во второй половине XVIII в. Джунгарское ханство пало под ударами войск Циньского Китая. Однако попытки маньчжуро-цинских наместников подчинить кыргызов успеха не принесли, китайцы ограничились тем, что договорились с кыргызскими биями о ненападении и соблюдении границ, но борьба с китайскими завоевателями значительно ослабила кыргызов, которые стали объектом завоевания кокандских правителей. Вначале кокандцы подчинили южных кыргызов, а затем устремились и в северные районы. Чтобы избежать угрозы порабощения от Коканда и Китая, вождь одного из кыргызских племен Атаке-бий направил свое посольство в С.-Петербург и просил Екатерину II о покровительстве, но последняя ограничилась лишь общими обещаниями.

Этот период в истории кыргызов был, по-видимому, самым мрачным и чуть было не приведшим их к полной физической гибели. Джунгарское и Кокандское ханства представляли собой типичные образцы восточных деспотий с элементами рабства. Государство делилось на области-вилайеты, а они, в свою очередь, – на налоговые районы-серкерства. В небольших городах вся власть принадлежала бекам, а в селениях – аксакалам. На севере Кыргызстана родоплеменными подразделениями управляли манапы, родами – бии.