В царствования Екатерины II и Александра I власти проявляли равнодушие к религиозной жизни старообрядчества. До 1823 г. в некоторых правительственных учреждениях (в московской духовной консистории, канцеляриях Министерства внутренних дел и московского генерал-губернатора) не было официальных сведений о Рогожском кладбище, существовавшем уже полстолетия, хотя о нем, разумеется, всем было известно.

Со времени восшествия на престол Николая I для старообрядцев вновь наступили тяжелые времена. В ноябре 1827 г. императорским указом было строго воспрещено принимать для службы в храм Рогожского кладбища новых священников, а с 1834 г. священникам из других мест было запрещено не только служить, но даже появляться на Рогожском кладбище. Этими и многими другими запрещениями (переезжать с места на место, ремонтировать храмовые постройки и пр.) правительство стремилось к полной ликвидации старообрядчества. Репрессии побудили старообрядцев искать возможность учредить архиерейскую кафедру за границей. Большую часть расходов по поискам святителя взяли на себя прихожане Рогожского кладбища купцы Рахмановы. После учреждения в 1846 г. белокриницкой иерархии преемник митрополита Амвросия, митрополит Кирилл, поставил в 1853 г. во Владимир архиепископа Антония, который впоследствии стал первым архиепископом Московским и всея России и с 1862 г. имел резиденцию на Рогожском кладбище.

К старообрядческой иерархии русское правительство отнеслось крайне враждебно. Гонения на старообрядчество, в частности правительственное распоряжение, по которому старообрядцам с 1855 г. запрещалось записываться в купеческое сословие (что влекло за собой выполнение рекрутчины и лишение сословных привилегий), вынуждали некоторых старообрядцев изменять старой вере и переходить в единоверие.

В 1854 г. в единоверие перешел кладбищенский священник Петр Русанов. В скором времени за ним последовали некоторые из прихожан во главе с Сапелкиным, Аласиным и другими. Воспользовавшись этим, власти насильно, «без всякой церемонии» отобрали у старообрядцев Никольский храм, а 23 сентября 1855 г. митрополит Московский Филарет (Дроздов) «освятил» его как единоверческую церковь под тем предлогом, что отступники якобы имеют право на часть кладбища. Отступившие в единоверие слали донос за доносом о том, что на кладбище водворились и тайно служат попы «австрийского поставления». По настоянию Филарета казенный смотритель кладбища совсем запретил старообрядцам совершать в часовнях богослужение. Хотя это запрещение было вскоре отменено, 7 июля 1856 г., из-за домогательств Филарета, правительство запечатало алтари летнего и зимнего храмов Рогожского кладбища. Никакие хлопоты старообрядцев не помогали. Более того, и после официального удостоверения ложности доносов особой комиссией в 1880 г. алтари по настоянию обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева оставались запечатанными. Они были распечатаны лишь после императорского указа от 17 апреля 1905 г. «Об укреплении начал веротерпимости».

В честь этого события, пришедшегося на празднование Пасхи, старообрядческое духовенство и прихожане со всей России до сих пор ежегодно совершают крестный ход в Неделю святых Жен-мироносиц (второе воскресенье после Пасхи). В память распечатания алтарей в 1912—1913 гг. была воздвигнута и одна из красивейших московских колоколен с храмом во имя Воскресения Христова.

Первая архиерейская служба, которую совершил вернувшийся из ссылки архиепископ Московский Иоанн (Картушин), прошла лишь через полгода – 22 октября 1905 г. Первый разрешенный колокольный звон на Рогожском был слышен 27 июля 1905 г. В это время вокруг храмов началось активное строительство. Ф. Е. Морозова в память о своем сыне Сергее Ивановиче построила трехэтажное здание для больницы, которое использовалось и как дом причта Рогожских храмов. В нем же, на верхнем этаже, помещались келия и покои архиепископа Иоанна. Было построено и еще несколько каменных жилых зданий, а к 1911 г. – здание для Московского старообрядческого института.