Со временем стало ясно, что Никон хочет не просто исправления каких-то погрешностей переписчиков, а изменения всех старых русских церковных чинов и обрядов в соответствии с новыми греческими. И действительно, изменений было множество. Перечислим лишь некоторые, наиболее важные с точки зрения православного вероучения:
1. Древняя, унаследованная еще от византийцев, форма перстосложения при крестном знамении (двоеперстие) была заменена на троеперстие. В толковании двоеперстного крестного знамения два протянутых перста означают две природы Христа (Божественную и человеческую), а три (пятый, четвертый и первый), сложенные у ладони, означают Троицу. Введя троеперстие (означающее одну Троицу, в то время как два оставшихся пальца оставались, по новому толкованию, «праздными», т. е. ничего не обозначали), Никон не только пренебрегал догматом о Богочеловечестве Христа, но и вводил «богострастную» ересь (т. е., по сути, утверждал, что на кресте страдала не только человеческая природа Христа, а вся Троица).
2. Трисоставный восьмиконечный крест, который издревле на Руси был главным символом православия, был заменен двусоставным четырехконечным, ассоциировавшимся в сознании православных людей с католическим учением и испокон веков называвшимся на Руси «латинским крыжом». После начала реформы восьмиконечный крест был назван «брынским» или «раскольническим» и изгонялся из церкви.
3. Молитвенный возглас – ангельская песнь «аллилуйя» – стал четвериться у никониан, поскольку они поют трижды «аллилуйя» и четвертое, равнозначное, «Слава Тебе, Боже». Тем самым нарушается священная троичность.
4. В исповедании православной веры – Символе веры, молитве, перечисляющей основные догматы христианства, из слов «в Духа Святаго Господа истиннаго и животворящаго» изъято слово «истиннаго» и тем поставлена под сомнение истинность Третьего Лица Святой Троицы, из сочетания «рожденна, а не сотворенна» выброшен союз «а» – тот самый «аз», за который многие готовы были погибнуть. Исключение «а» могло мыслиться как выражение сомнения в нетварной природе Христа. Вместо прежнего утверждения «Его же царствию несть (т. е. нет) конца» введено «не будет конца», то есть бесконечность царствия Божия оказывается отнесенной к будущему и тем самым ограниченной во времени.