Во главе общины стоял «атаман», носивший название «кошевого атамана» или просто «кошевого», а самая Сечь – «Коша». Кошевой был верховным представителем Сечи, совмещавшем в себе военную, политическую, гражданскую и даже духовную власть. Он вел, поэтому, дипломатические сношения с другими государствами от своего имени, был главным военачальником и судьей, разрешавшим даже смертные приговоры, и главным выборным распорядителем в среде гражданской и экономической жизни общины. За «атаманом» следовали: «судья», «писарь» и «есаул» (помощник атамана. – Прим. ред.). Все эти лица вместе с кошевым составляли так называемую «войсковую старшину», хотя и занимали более низкие, сравнительно с кошевым, места в сечевой иерархии. Товарищество делилось на 38 «куреней», т. е. громаднейших казарм для общежития, вмещавших до двух, трех, четырех и более сот человек, и в каждом таком курене был также свой выборный атаман, называвшийся «куренным атаманом» в отличие от кошевого. Так как Сечь имела, кроме того, свои владения, свои земли и угодья, заселенные женатыми и семейными казаками, то для управления этими последними она избирала так называемых полковников, разделивши все владения на несколько частей – «паланок». Состав должностных лиц в каждой паланке изображал в малом виде организацию Сечи. Полковник был, так сказать, паланочным атаманом и вместе с подчиненными ему – писарем, есаулом, подъесаулием и подписарием – составлял полковую старшину. Там, где существовали перевозы, игравшие роль таможенных пунктов, были так называемые «шафари», составлявшие с писарями, подшафариями и подписариями старшину войсковых перевозов. Существовал затем целый ряд других второстепенных выборных властей. Вообще в Сечи было около 20 различных должностных званий, причем в одном и том же звании часто было по несколько лиц, именно: кошевой атаман, войсковой судья, войсковой писарь, войсковой есаул, куренные атаманы (38), полковники (7), шафари (2), полковые писаря (9), полковые есаулы (7), полковые подписарии (9), полковые подъесаулии (7), подшафарии (2), войсковой подъесаулий, войсковой довбыш (т. е. литаврщик), поддовбышний, канцелярские служители разного звания (20), войсковой пушкарь, подпушкарий и гармаши (т. е. артиллеристы числом 8), кантаржей (т. е. хранитель войсковых весов) и толмач (т. е. переводчик), – всего 130 человек. Рады или сходы собирались как общие, войсковые, так и по куреням. Ежегодно на Новый год, вместе с избранием старшины и должностных лиц, запорожская рада «кидала лясы», т. е. бросала жеребья на запорожские земли и угодья. Распределивши лучшие и необходимые угодья между сечевым товариществом, община предоставляла остальную часть угодий в распоряжение семейных казаков – «подданства». Подданство, в свою очередь, разбивалось на множество мелких общинных поселений и каждое такое поселение опять-таки в миниатюре изображало собою Запорожскую Сечь: в нем так же, как и в Сечи, был свой атаман – не кошевой, а громадский, и свое товарищество – не безбрачные сечевики, а семейные громадяне.

Такова в общих чертах была организация Запорожской Сечи. Нет сомнения, что она выработалась не сразу, а постепенно. На усиление Запорожского казачества имели сильнейшее влияние те условия, в каких стоял в XVI веке малорусский народ. Находясь под польским владычеством, малороссы в это время терпели непомерные стеснения от поляков, попиравших вольности, национальность и религию подвластного им народа. В Сечь бежали все – и городские мещане, и сельские жители, и реестровые казаки, и даже мелкие шляхтичи, и лица духовного звания. Тяжесть налогов, угнетение православной веры, издевательство над национальностью, пренебрежение правами народа, вступившего первоначально в союз с Польшей, «как равные с равными», жестокая расправа, преследования и казни защитников этих прав – все это волновало народную массу, озлобляло ее против поляков и способствовало побегам мирных жителей на Низ, в казаки. Сообразно с этим и задача казачества заключалась не только во внутреннем устроении своей общины, но еще более в борьбе с врагами малорусской национальности и веры; а так как этими врагами были, кроме поляков, татары и турки, то история Запорожья полна беспрерывной борьбой запорожцев с теми, другими и третьими.