Шесть регионов к концу 1995 года были парламентскими республиками (Республика Алтай, Дагестан, КЧР, Хакасия, Удмуртия, с оговорками Мордовия), где существовали сложные взаимоотношения между различными элитными группами, сформированными в том числе по этническому признаку.

Была попытка ввести систему парламентской республики в Ненецком автономном округе, после того как Ю. В. Комаровский 22 февраля 1996 года был уволен с поста губернатора указом президента РФ. Отставка была вызвана конфликтом с Собранием депутатов округа, обвинявшим Ю. В. Комаровского в нецелевом расходовании бюджетных средств, в результате чего округ лишился трех миллиардов рублей. Собрание депутатов заявило о «параличе исполнительной власти» в округе и выразило недоверие губернатору, так как администрация отказалась вносить на утверждение бюджет. Губернатора также обвиняли в раздувании штата, излишней роскоши при обстановке кабинета губернатора, неудачных действиях с долгами «Коминефти». Новым губернатором был назначен В. В. Хабаров, с 1994 года работавший управляющим отделением Пенсионного фонда РФ по Ненецкому автономному округу. Депутаты хотели ввести избрание губернатора окружным Собранием и отказались от идеи после длительного торга.

Наиболее известна попытка введения парламентарной системы в Алтайском крае, приведшая к решению Конституционного суда. Данная ситуация возникла из-за конфликта губернатора Л. А. Коршунова, который поддерживался федеральным центром (и, соответственно считался реформаторски ориентированным), и большинства депутатов Законодательного собрания, придерживавшихся левопатриотической ориентации (представлявших преимущественно КПРФ и АПР). Устав края, принятый 20 апреля 1995 года, предусматривал, что губернатор избирается не населением, а депутатами регионального парламента. Губернатор Л. А. Коршунов его подписывать отказался, Собрание преодолело вето. Тогда он обратился в Конституционный суд. 18 января 1996 года Конституционный суд РФ принял Постановление о проверке конституционности ряда положений Устава Алтайского края, в котором отметил, что такой порядок избрания главы администрации не соответствует Конституции РФ, поскольку из смысла ряда статей Конституции «вытекает, что высшее должностное лицо, формирующее орган исполнительной власти, получает свой мандат непосредственно от народа и перед ним ответственно». После этого регион перешел к «стандартному» в те годы формату – выборам губернатора населением.

Также в последующие годы прямые выборы высшего должностного лица региона были введены во всех субъектах РФ, кроме Республики Дагестан, глава которой (председатель Государственного Совета) избирался не законодательным органом, а более широким кругом выборщиков вплоть до отмены прямых выборов глав регионов в конце 2004 года. Перешли на прямые выборы Республика Алтай (первые выборы в декабре 1997 года), Хакасия (первые выборы в конце 1996 года) и вновь Мордовия (первые прямые выборы в 1991-м, в 1993-м прямые выборы президента отменили, с 1998-го проводились прямые выборы главы республики). Тем не менее в течение ряда лет прямые выборы главы региона отсутствовали еще в двух регионах: Карачаево-Черкесской Республике (до 1999 года) и Удмуртской Республике (до 2000 года).

В результате от прежнего институционального единообразия быстро не осталось и следа. Некоторые регионы создавали двухпалатные парламенты, некоторые использовали смешанную избирательную систему, некоторые – чисто мажоритарную, некоторые – блоковую (многомандатные округа), разным стало разделение властей (в одних регионах формировалось как отдельный институт региональное правительство, в других исполнительную власть напрямую возглавляло высшее должностное лицо, разным был перечень должностей для назначения на которые требовалось согласие регионального парламента) и т. д. Дифференциация политических режимов регионов существенно увеличилась – наряду с успешно развивавшимися демократическими режимами (Санкт-Петербург, Карелия, Свердловская область и др.), целый ряд территорий превратились в настоящие автократии, порой значительно игнорирующие федеральное законодательство. Так, в Калмыкии, в частности, дошло до фактического назначения в 1994-м части депутатов Народного хурала республики президентом Калмыкии (9 из 27 депутатов избирались по единому списку кандидатов, выдвигаемому президентом Калмыкии). Фактически подобная система взаимоотношений центра и регионов напоминала полуфеодальные взаимоотношения короля и феодалов по принципу «вассал моего вассала – не мой вассал». Именно в это время на страницах газет появилась метафора «региональный феодализм» – пусть и не очень точная, но подразумевающая как значительный уровень децентрализации, так и авторитарный характер подавляющего большинства региональных режимов.