Несмотря на подписание мирного договора, между Россией и Турцией развернулась сложная дипломатическая борьба за Крым. Результатом этой борьбы явилось присоединение Крыма к России. Рескриптом Екатерины II от 8 апреля 1783 г. «полуостров Крымский, Тамань и вся Кубанская сторона» были включены в состав России. Крымский хан отказался от престола. Присоединение Крыма к России имело прогрессивное значение: с ликвидацией Крымского ханства навсегда была устранена угроза разорительных набегов с юга на русские земли, Турция лишилась основной базы своей агрессии в северном Причерноморье. Для защиты отвоеванных у Турции исконно русских земель и обеспечения судоходства на Черном море Россия нуждалась в сильном флоте.

Длительное время шли поиски удобных мест для базирования главных сил флота. Одной из таких бухт оказалась Ахтиарская, расположенная на юго-западном берегу Крымского полуострова, у развалин древнего Херсонеса.

2 мая 1783 г. в Ахтиарскую бухту прибыла эскадра из пяти фрегатов и восьми других судов Азовской флотилии под командованием вице-адмирала Ф.А.Клокачева. С этого времени морские силы на юге России стали именоваться Черноморским флотом (ЧФ). В честь его основания в том же году была отлита медаль «Слава России».

Ахтиарская бухта стала основным пунктом базирования кораблей флота. 3 июня 1783 г. в торжественной обстановке были заложены первые четыре здания будущего города и порта. Первоначально он назывался Ахтиар (Белый утес), а затем в соответствии с указом Екатерины II от 10 февраля 1784 г. был назван Севастополем («Достойный город»).

В 1785 г. был утвержден первый штат Черноморского флота, по которому он должен был иметь 12 линейных кораблей, 20 больших фрегатов, пять боевых шхун, 18 транспортных и вспомогательных судов. Флот быстро рос и к маю 1787 г. насчитывал в своем составе 46 вымпелов: три линейных корабля, 12 фрегатов, три бомбардирских корабля, 28 других военных судов.

Однако Турция не могла смириться с потерей Крыма и появлением на Черном море российского флота. Это привело к новой войне, в которой Россия выступила в союзе с Австрией. Турцию же поддерживали и помогали ей Англия, Франция и Пруссия. В августе 1787 г. Турция предъявила России ультиматум с требованием возвратить Крым, признать Грузию вассальным владением султана и согласиться на установление турецкого контроля над русскими судами при проходе их через проливы. Россия ответила отказом. Это и послужило поводом к новой войне.

В историю этой войны вошли бои и сражения на море у острова Фидониси (3 июля 1788 г.), Керченского пролива (8 июля 1790 г.), Тендры (28 августа 1790 г.) и мыса Калиакра (31 июля 1791 г.). Победы Ф. Ф. Ушакова сорвали все планы Турции атаковать Крым с моря. Они способствовали, наряду с успехами русской армии, ускорению переговоров и заключению Ясского мирного договора (29 декабря 1791 г.), согласно которому Турция навечно передавала России Крым, Очаков, Кинбурн и Азов.

В связи с развитием Черноморского флота возникла необходимость в строительстве более удобной и безопасной корабельной верфи, которая была заложена в устье Ингула в июне 1788 г. Через год, 27 августа 1789 г., новый город был назван Николаевом, он и стал центром судостроения на юге страны. Одновременно с объявлением Севастополя в 1804 г. главным портом Черноморского флота в нем также началось кораблестроение.

В 1826 г. в Севастополе был построен 18-пушечный бриг «Меркурий», экипаж которого под командованием капитан-лейтенанта А.И.Казарского 14 мая 1829 г. одержал блестящую победу над двумя турецкими линейными кораблями, имевшими десятикратное превосходство в людях и вооружении. Бриг «Меркурий» первым из кораблей Черноморского флота награжден кормовым Георгиевским флагом.