После заключения Хасавюртовских соглашений Музычко вернулся на Украину и занялся бизнесом. В 1996 году он стал соучредителем газеты «Наша справа».

В 1995 году Музычко избил посетителя ровенского кафе «Регина», за что был осужден по ч. 1 ст. 101 УК Украины (причинение тяжких телесных повреждений)[47].

В 1997 году Музычко устроил стрельбу в Киеве. Велось расследование, но дело закрыли за недостаточностью улик[48].

В 1999 году Музычко оказался на скамье подсудимых: в составе преступной группы 16 декабря 1999 года он похитил в Ровно местного бизнесмена, требуя от него 1000 долларов США. Музычко и его сообщники удерживали и регулярно избивали бизнесмена, пока их в конце дня не арестовала милиция в диско-баре «Холидей»[49]. Несмотря на попытки оказать давление на следствие и потерпевшего, Музычко в январе 2003 года был осужден на три с половиной года. Во время нахождения в тюрьме его, в свою очередь, избивали сокамерники. Свой срок с зачетом времени содержания под стражей во время судебного разбирательства до вынесения приговора Музычко отбывал до лета 2003 года.

В апреле 2007 года он был назначен начальником охраны Ровенского литейного завода, директор которого, Валерий Канский, конфликтовал с его акционерами. 5 октября 2009 года на заводе произошла массовая драка, после которой сменилось заводское руководство. К организации драки, а по утверждениям прессы рейдерскому захвату предприятия, был якобы причастен Музычко[50].

В 2012 году Музычко занимал должность заместителя директора компании «Балкон-Сервис».

Если верить пресс-службе Ровенской областной организации партии Украинская национальная ассамблея, Музычко «создал первую националистическую организацию СНУМ[51], а также партию УНА и отряды УНСО на Ровенщине»[52].

После окончательной легализации УНА-УНСО 29 сентября 1997 года как зарегистрированной политической партии, Музычко возглавил Ровенскую областную организацию УНА-УНСО и руководил ею до 9 февраля 2014 года. Он входил в различные руководящие органы УНА-УНСО, и в ноябре 2013 года был избран и. о. председателя Политсовета УНА-УНСО.

На выборах 2012 года он баллотировался от Избирательного округа № 153 в Верховную Раду Украины как кандидат от Украинской национальной ассамблеи. Во время избирательной кампании Музычко эксплуатировал имидж легендарного героя Чеченской войны. По итогам голосования он набрал 1,14 % голосов и не прошел в Раду.

В 2014 году Музычко принял активное участие в формировании Самообороны Майдана, стал руководителем праворадикальной группировки «Правый сектор» в Ровенской области и координатором структур «Правого сектора» на всей Западной Украине. Быстрый карьерный рост Музычко в «Правом секторе», возможно, объясняется тем, что эта организация использовала УНА-УНСО для агитации, сбора средств и вербовки, как Партию, легально функционирующую по всей Украине.

Вместе с УНА-УНСО в «Правый сектор» также вошли Всеукраинская организация «Тризуб» имени

Степана Бандеры, ОУН, Патриот Украины, и отдельные граждане Украины, делившие взгляды этих политических сил на методы и средства политической борьбы, а также принимавшие кредо «Правого сектора» – «Бог и Украина превыше всего».

Музычко (прозвище «Билый») числился среди представителей УНА-УНСО, делегированных в «Правый сектор» вместе с Юрием Шухевичем (Председатель УНА-УНСО), Николаем Карпюком (заместитель Председателя УНА-УНСО), Игорем Мазуром (прозвище «Тополь»), Валерием Вороновым (прозвище «Вульф»), Владиславом Мирончиком (прозвище «Мирон»), Юрием Довженко (прозвища «Ганс», «Дитрих», «Артур», «Ратибор»), и Валерием Бобровичем (прозвище «Устим»),