Работа по вытеснению сторонников Троцкого из военного ведомства приняла массовый характер в ходе одного из основных мероприятий военной реформы – введения единоначалия. Ряд видных полководцев – Федько, Фабрициус, Лацис, Дыбенко, Якир, Вострецов… – обратились в Центральный Комитет с докладной запиской «Об итогах строительства Красной Армии к 6-й годовщине ее существования», в которой утверждали, что в войсках выросло достаточное количество преданных Советской власти командиров, способных обойтись без опеки комиссаров, превратившихся в тормоз военного строительства и занимавшихся в основном склоками и доносами. Ну, писать доносы – самая прямая комиссарская обязанность, но властные их полномочия решили слегка ограничить.

Сталин переадресовал письмо Бубнову. Тонкость в том, что буквально за год до этого именно Андрей Сергеевич принципиально возражал против приказа Реввоенсовета №-511, допускавшего отсутствие комиссара даже при беспартийном начальнике и тем самым «неоправданно сужавшего роль комиссаров в Красной Армии». Партии тогда пришлось поправить преждевременную инициативу товарища Троцкого. Однако теперь – совсем же другое дело!

Тщательно все взвесив, Бубнов предложил не форсировать введение единоначалия, а растянуть процесс во времени, не оказывать всем командирам огульное доверие, а подходить к каждому индивидуально в зависимости от уровня подготовки. Заодно переаттестовать весь командный и политический состав. А еще заодно, как выяснилось, и пересчитать, поскольку обобщенными сведениями о численности командиров, как и системой учета личного состава в армии, Штаб РККА не располагал.

В июне 1924 года была создана комиссия Оргбюро ЦК ВКП(б) по военным вопросам под председательством Бубнова. В рамках комиссии образовали специальную подкомиссию, имевшую исключительные полномочия по проверке деловых, профессиональных качеств и политических взглядов всего начальствующего состава. Члены комиссии определяли пригодность каждого командира и комиссара на роль командира-единоначальника на основании двух критериев: принадлежность к большевистской партии и умение проводить воспитательную работу среди подчиненных. Понятно, что сторонники Троцкого быть «умелыми проводниками политики партии» никак не могли.

В декабре 1924 года пленум РВС утвердил представленную Бубновым инструкцию по практическому осуществлению единоначалия и поручил проведение ее в жизнь Политуправлению РККА. Инструкция рекомендовала рассматривать введение единоначалия не как ликвидацию политсостава, а как способ совмещения функций партийного руководства, политического воспитания и военного обучения в одном лице. Проще говоря, каждый командир должен был стать в первую очередь комиссаром. Второй вариант – комиссара и сделать командиром.

Поэтому пленум принял резолюцию, в которой отмечалось, что единоначалие необходимо вводить в двух формах. Полное единоначалие предполагалось, когда командир являлся членом партии и был облечен ее доверием. При таком командире назначался заместитель по политической части. Неполное единоначалие вводилось, когда командир был беспартийным или признан «недостаточно подготовленным» в политическом отношении. В этом случае при нем сохранялся чистокровный комиссар. 6 мая 1925 года ЦК принял постановление «О единоначалии в Красной Армии», в котором одобрялась проделанная в этом направлении работа и давались директивные указания о постепенном переходе к единоначалию, не снижая роли политсостава.

Бубнов указывал: «Не надо думать, что мы, выдвигая кандидатов на ответственные должности в качестве единоначальников, – замахиваемся на такой ценнейший институт, как комиссарский состав нашей армии. Ведь в армии остается громадный процент беспартийного командного состава. При полном доверии к нему мы тем не менее не можем допустить передачи ему руководства политической работой и тем более – партийной… Великую армию политруков надо сохранить и укрепить». Одновременно – неуклонно увеличивать партийную прослойку среди командного состава. Бубновский пятилетний план предусматривал 100-процентное членство в партии командиров полков, дивизий и корпусов и не менее 60 % командиров рот.