Особую актуальность приобрела разработка методик расследования различных воинских преступлений, таких, как дезертирство, неповиновение командиру, членовредительство с целью уклонения от участия в боевых действиях и др. Повышенные требования предъявлялись к судебной баллистике, поскольку многие преступления совершались с применением огнестрельного оружия, которое стало широкодоступным. Идентификация оружия по стреляным пулям и гильзам осталась с тех пор одной из актуальнейших задач судебно-баллистической экспертизы.

В 1941 г. вышел в свет переведенный с французского языка капитальный труд Э. Локара «Руководство по криминалистике», в котором подробно рассматривались вопросы дактилоскопии, пальмо– и плантоскопии, графометрии, исследования пыли, а также документов, отпечатанных на пишущих машинах.

В военные годы криминалистам-практикам очень помогла работа Б.М. Комаринца о дактилоскопической регистрации на расстоянии, вышедшая в 1937 г. Она оказалась весьма полезной, поскольку Центральное уголовно-регистрационное бюро со всеми картотеками перебазировалось в Уфу, а наведение справок осуществлялось в основном по телефону или телеграфу. Автор предлагал не передавать изображения дактилоскопических узоров, что по тем временам было очень сложно и дорого, а описывать их по определенной системе, – кодировать особенности папиллярных узоров.

В 1946 г. вышло в свет первое издание монографии П.И. Тарасова-Родионова «Предварительное следствие». В ней рассматривался широкий круг проблем, но в особенности организационные и тактические основы, принципы и методы ведения следствия, тактика следственных действий, вопросы, разрешаемые в ходе экспертиз. Больше внимания уделялось и методикам расследования отдельных видов преступлений: хищений, убийств, пожаров и поджогов, транспортных происшествий.

В 1948–1951 гг. были созданы научно-исследовательские криминалистические лаборатории в Ленинграде, Ростове-на-Дону, Хабаровске, Саратове, Свердловске, Новосибирске, Минске. В 1962 г. открылся Центральный НИИ судебных экспертиз. В феврале 1949 г. был учрежден ВНИИ криминалистики Прокуратуры СССР, который обобщал следственную и экспертную практику, занимался совершенствованием научно-технических средств и методов борьбы с преступностью. В 1963 г. он был переориентирован на изучение причин и разработку мер предупреждения преступности, а в 1989 г. – на решение проблем укрепления законности и правопорядка. Дальнейшее развитие получили экспертные криминалистические учреждения в системе МВД.

Третий этап, начавшийся в 1960-е гг., характерен нарастанием интенсивности формирования общей теории отечественной криминалистики. К этому времени был накоплен богатый эмпирический материал, послуживший основой для углубленных науковедческих изысканий. Общая теория стала той базой, которая обеспечила рост криминалистики, содействовала всестороннему исследованию сущности предварительного расследования, оперативно-розыскной, судебной и экспертной деятельности, дальнейшей разработке и совершенствованию средств, методов и приемов борьбы с преступностью. Все направления криминалистической науки, ее частные теории и учения обогащались благодаря обращению к психологии, социологии, теории вероятностей, логике, прогностике, кибернетике, моделированию, информатике, другим передовым направлениям развития научной мысли.

Поступательное развитие российской криминалистики привело к выделению из нее в качестве самостоятельных отраслей знаний теории оперативно-розыскной деятельности и судебной психологии. Возникли новые направления, связанные с применением в криминалистике положений кибернетики, теории игр, одорологии, теории моделирования. Стали развиваться новые виды криминалистических экспертиз, разрабатываться приемы и методы использования специальных познаний самого широкого спектра.